Das Kloster wurde 1613 von dem Mönch Euphymius gegründet, der aus Wologda kam und ein Ikone der Gottesmutter mitbrachte. Diese Ikone, später als Siebenseen bekannt, wurde 1654 berühmt, als sie, wie man glaubt, vor der Pest schützte. Zur Erinnerung an diese Ereignisse wurde am 25. Juni eine jährliche Prozession von der Siebenseen-Wüste nach Kasan eingerichtet.

Durch die Verehrung der Ikone begann das Kloster, großzügige Spenden zu erhalten. Mit diesen Mitteln wurde 1668 die steinerne Smolensker Kathedrale, der Haupttempel des Klosters, erbaut, in dem die Ikone aufbewahrt wurde. Heute sind nur noch die Ruinen des Sockelgeschosses erhalten. Bereits 1640 wurde der erste steinerne Tempel, die Himmelfahrtskirche, errichtet.

Im 19. Jahrhundert kamen zu diesen Gebäuden drei weitere Kirchen und ein mehrstöcklicher Glockenturm hinzu. Die sechste Kirche, die der Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ gewidmet ist, wurde über der heiligen Quelle einen Kilometer von der Wüste entfernt erbaut.

Das Kloster war eines der reichsten in der Diözese Kasan. Im 18. Jahrhundert gehörten ihm mehr als 500 Bauernseelen. Nach der Reform von 1764, als die Klöster ihr Land mit Bauern verloren, wurde die Siebenseen-Wüste der Klasse III zugeordnet. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es hier eine kirchliche Schule, zwei hölzerne Gasthäuser und ein Gästehaus.

Seit 1884 stand das Kloster unter der Verwaltung des Erzbischofs von Kasan.

Die Bruderschaft des Klosters zählte im 18. und 19. Jahrhundert mehrere Dutzend Mitglieder, manchmal bis zu 100. Jährlich fanden drei Prozessionen statt: am 25. Juni nach Kasan mit der Siebenseen-Ikone der Gottesmutter, am 27. Juni die Rückkehr mit der Ikone aus Kasan und am 16. Juli zur Quelle bei der Trauerkirche des Klosters.

Von 1883 bis Mai 1908 lebte der Einsiedler Gabriel Zyrianov im Kloster, der 1996 als lokal verehrter Heiliger kanonisiert wurde.

Der letzte Abt des Klosters vor seiner Schließung, Archimandrit Alexander, wurde ebenfalls als Heiliger Alexander von Siebenseen Sanaksar kanonisiert.

1928 wurde das Kloster geschlossen und zerstört, fast alle seine Gebäude, einschließlich der Hauptkathedrale und des Glockenturms, wurden vernichtet. Die erhaltenen Gebäude wurden für die Bedürfnisse des örtlichen Staatsgutes genutzt.

1996 wurde das Gelände des Klosters an die Russische Orthodoxe Kirche zurückgegeben. Heute ist die Bruderschaft der Wüste klein.

Von allen Kirchen des Klosters ist nur eine kleine Kirche der Heiligen Euphymius der Große und Tikhon von Zadonsk erhalten und restauriert worden. Darin befinden sich die Reliquien von Gabriel von Siebenseen sowie eine verehrte Kopie der Siebenseen-Ikone der Gottesmutter. Die originale Ikone wird heute in der Peter-Paul-Kathedrale in Kasan aufbewahrt.