L'église de Pierre et Paul était auparavant connue sous le nom d'église hospitalière au nom de Macaire de Jeltovodsk. Dans la Russie ancienne, les monastères servaient de refuges pour les personnes âgées et malades, ayant sur leur territoire des cellules hospitalières avec une église. Au début du XVIIe siècle, dans le monastère des Grottes, ces cellules et l'église étaient en bois.

Après la construction d'une salle à manger en pierre et la libération de la cathédrale de l'Ascension des chapelles adjacentes, dont deux ont été transférées à l'église hospitalière, le supérieur archimandrite Stéphane informa le patriarche Joasaph de la vétusté de l'hôpital en bois et de la disponibilité de matériaux en pierre pour sa construction.

Le 12 mars 1652, le patriarche Joasaph délivra à l'archimandrite Stéphane un acte pour la construction d'une nouvelle église hospitalière. Cependant, pour des raisons inconnues, l'église ne fut construite que 35 ans plus tard, en 1687, sous l'archimandrite Joasaph, et à nouveau en bois, la consacrant en l'honneur de saint Macaire de Jeltovodsk et du miracle de Unjenski.

Au XVIIIe siècle, l'église était en ruine, et en 1738, une collecte de dons pour sa construction en pierre commença. Les archimandrites Philaret et Ion, supérieurs des monastères des Grottes et de Makaryev, donnèrent chacun 100 roubles, et le trésorier du monastère des Grottes, Filagri, ajouta 65 roubles.

La même année 1738, une nouvelle église hospitalière en pierre fut construite, "froide, à un dôme, en forme de rectangle, mesurant six sajenes de long et neuf vershoks de large, quatre sajenes de large, avec une tête en pierre, reliée à l'est aux cellules fraternelles et hospitalières". En 1858, sous l'évêque de Nizhny Novgorod et d'Arzamas, Jérémie Soloviev, l'autel de l'église fut réconsacré en l'honneur des saints apôtres Pierre et Paul.