Die Kirche von Peter und Paul war früher als Krankenhauskirche zu Ehren von Makari von Schtscheltow bekannt. In der alten Rus erfüllten Klöster die Rolle von Zufluchtsorten für Alte und Kranke und hatten auf ihrem Gelände Krankenhauszellen mit einer Kirche. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts waren die Zellen und der Tempel im Ptscherer Kloster aus Holz.

Nach dem Bau des steinernen Speisesaals und der Befreiung der Auferstehungskathedrale von den angrenzenden Kapellen, von denen zwei in die Krankenhauskirche verlegt wurden, informierte der Abt Stefan den Patriarchen Joasaf über den Verfall des hölzernen Krankenhauses und die Verfügbarkeit von Steinen für dessen Bau.

Am 12. März 1652 erteilte Patriarch Joasaf dem Abt Stefan ein Schreiben zum Bau einer neuen Krankenhauskirche. Aus unbekannten Gründen wurde die Kirche jedoch erst 35 Jahre später, im Jahr 1687, unter Abt Joasaf und erneut aus Holz erbaut, und zu Ehren des heiligen Makari von Schtscheltow und des Wundertäters von Unzha geweiht.

Im 18. Jahrhundert war der Tempel baufällig, und 1738 begann die Sammlung von Spenden für seinen steinernen Bau. Die Äbte Filaret und Jona, die Leiter der Ptscherer und Makari-Klöster, spendeten jeweils 100 Rubel, und der Schatzmeister des Ptscherer Klosters Filagrij fügte 65 Rubel hinzu.

Im selben Jahr 1738 wurde eine neue steinerne Krankenhauskirche erbaut, "kalt, ein kuppeliger, rechteckiger Bau, sechs Sazhen lang und neun Vershki breit, vier Sazhen breit, mit einem steinernen Haupt, verbunden im Osten mit den Brüder- und Krankenhauszellen". Im Jahr 1858 wurde unter dem Bischof von Nischni Nowgorod und Arzamas, Jeremia Solowjow, der Altar in der Kirche zu Ehren der heiligen Apostel Peter und Paul neu geweiht.