La iglesia de Pedro y Pablo fue conocida anteriormente como la Iglesia Hospitalaria en honor a Macario de Zheltovodsk. En la Antigua Rusia, los monasterios cumplían la función de refugios para ancianos y enfermos, teniendo en su territorio celdas hospitalarias con iglesia. A principios del siglo XVII, en el monasterio de Pechersk, tales celdas y la iglesia eran de madera.

Después de la construcción del refectorio de piedra y la liberación de la catedral de la Ascensión de los altares adyacentes, dos de los cuales fueron trasladados a la iglesia hospitalaria, el abad archimandrita Esteban informó al Patriarca Joasaf sobre el estado ruinoso del hospital de madera y la disponibilidad de materiales de piedra para su construcción.

El 12 de marzo de 1652, el Patriarca Joasaf otorgó al archimandrita Esteban un decreto para la construcción de una nueva iglesia hospitalaria. Sin embargo, por razones desconocidas, la iglesia fue construida solo 35 años después, en 1687, bajo el archimandrita Joasaf, y nuevamente de madera, consagrándola en honor a San Macario de Zheltovodsk y el milagroso de Unzha.

Para el siglo XVIII, la iglesia se había deteriorado, y en 1738 comenzó la recolección de donaciones para su construcción en piedra. Los archimandritas Filaret e Iona, abades de los monasterios de Pechersk y Makaryev, donaron 100 rublos cada uno, y el tesorero de la comunidad de Pechersk, Filagri, añadió 65 rublos.

En el mismo 1738 se construyó una nueva iglesia hospitalaria de piedra, "fría, de una sola cúpula, en forma de rectángulo, de seis sazhenes de largo y nueve vershoks de ancho, con una cúpula de piedra, conectada al este con las celdas de los hermanos y del hospital". En 1858, bajo el obispo de Nizhni Nóvgorod y Arzamas, Jeremías Solovyov, el altar de la iglesia fue reconsagrado en honor a los santos apóstoles Pedro y Pablo.