Depuis la fin du XVIIIe siècle, en Russie, le Département des communications aquatiques et l'Expédition de construction des routes étaient responsables de l'exploration, de la conception, de la construction, de la reconstruction et de l'exploitation des voies de communication. De 1801 à 1809, ces départements étaient dirigés par le comte Nicolas Petrovitch Rumiantsev, un homme d'État et diplomate connu. En 1809, il a présenté à l'empereur Alexandre Ier un document avec des propositions pour améliorer le système de gestion des voies de communication et créer un établissement d'enseignement supérieur technique pour former des ingénieurs.

Sur la base de ces propositions, le 20 novembre 1809, l'Administration des communications aquatiques et terrestres, ainsi que le Corps des ingénieurs des voies de communication et l'Institut du Corps des ingénieurs des voies de communication, aujourd'hui connu sous le nom d'Université d'État de Saint-Pétersbourg des voies de communication, ont été établis. Le Corps s'occupait de la construction et de la réparation, tandis que l'Institut formait des ingénieurs.

Le premier recteur de l'Institut fut Augustin Augustinovitch Betancourt, un scientifique et ingénieur espagnol. Il a été formé en Espagne et en France, où il a assisté à des cours de scientifiques renommés. En Russie, il a commencé à travailler en 1809 et a formulé l'objectif de l'Institut, à savoir former des ingénieurs pour réaliser des travaux dans tout l'empire.

Betancourt a utilisé l'expérience européenne avancée pour organiser le processus d'enseignement à l'Institut, y compris l'expérience de ses enseignants et ses propres développements. Le premier bâtiment de l'Institut était situé dans le palais du prince N. B. Youssoupov, et son ouverture solennelle a eu lieu le 1er novembre 1810.

À l'origine, l'Institut était un établissement d'enseignement civil avec une durée d'études de quatre ans. En décembre 1823, il a été transformé en établissement d'enseignement fermé avec des disciplines militaires, mais en 1864, il est redevenu civil. Dans les années 1830, avec l'apparition des chemins de fer, des sections correspondantes ont été ajoutées aux programmes d'études.

L'Institut a développé des disciplines scientifiques naturelles, et des scientifiques éminents y ont enseigné. Au milieu du XIXe siècle, l'Institut est devenu l'un des plus grands établissements d'enseignement en Russie, où se formait le système de l'éducation en ingénierie et en construction.

En 1864, l'Institut a été déclaré établissement d'enseignement supérieur civil avec une durée d'études de cinq ans. Au début du XXe siècle, avec le développement de nouveaux types de transport, des facultés et des départements correspondants ont été créés à l'Institut.

Dans les années 1930, des changements structurels significatifs ont eu lieu, et plusieurs établissements d'enseignement indépendants ont été créés sur la base de l'Institut. Après la réorganisation, l'Institut a commencé à former des spécialistes pour le transport ferroviaire et a été renommé Institut de Leningrad des ingénieurs du transport ferroviaire.

Dans la seconde moitié du XXe siècle, l'Institut a continué à se développer, de nouvelles facultés et spécialités ont été créées, et le processus d'enseignement a été perfectionné. En 1993, l'Institut a obtenu le statut d'université et un nouveau nom, l'Université d'État de Saint-Pétersbourg des voies de communication.

Actuellement, l'université est dirigée par le candidat en sciences économiques A. Y. Panychev, et le travail académique est supervisé par le docteur en sciences techniques L. S. Blazhko.