Seit dem Ende des 18. Jahrhunderts waren in Russland das Departement für Wasserkommunikation und die Expedition für Straßenbau für die Erforschung, Planung, den Bau, die Rekonstruktion und den Betrieb von Verkehrswegen verantwortlich. In der Zeit von 1801 bis 1809 wurden diese Behörden von Graf Nikolai Petrowitsch Rumiantsev geleitet, einem bekannten Staatsmann und Diplomaten. 1809 legte er dem Kaiser Alexander I. ein Dokument mit Vorschlägen zur Verbesserung des Managementsystems für Verkehrswege und zur Schaffung einer höheren technischen Bildungseinrichtung zur Ausbildung von Ingenieuren vor.

Auf Grundlage dieser Vorschläge wurde am 20. November 1809 die Verwaltung für Wasser- und Landverkehr sowie das Ingenieurkorps für Verkehrswege und das Institut des Ingenieurkorps für Verkehrswege gegründet, das heute als Petersburger Staatliche Universität für Verkehrswesen bekannt ist. Das Korps war für den Bau und die Reparatur zuständig, während das Institut Ingenieure ausbildete.

Erster Rektor des Instituts wurde Augustin Augustinowitsch Betancourt, ein spanischer Wissenschaftler und Ingenieur. Er erhielt seine Ausbildung in Spanien und Frankreich, wo er Vorlesungen bekannter Wissenschaftler hörte. In Russland begann er 1809 zu arbeiten und formulierte das Ziel des Instituts, Ingenieure für Arbeiten im gesamten Imperium auszubilden.

Betancourt nutzte fortschrittliche europäische Erfahrungen zur Organisation des Lehrprozesses im Institut, einschließlich der Erfahrungen seiner Lehrer und eigener Entwicklungen. Das erste Gebäude des Instituts befand sich im Palast des Fürsten N. B. Jussupow, und am 1. November 1810 fand die feierliche Eröffnung statt.

Ursprünglich war das Institut eine zivile Bildungseinrichtung mit einer vierjährigen Ausbildungszeit. Im Dezember 1823 wurde es in eine geschlossene Bildungseinrichtung mit militärischen Disziplinen umgewandelt, aber 1864 wurde es wieder zivil. In den 30er Jahren des 19. Jahrhunderts wurden in Verbindung mit dem Aufkommen von Eisenbahnen entsprechende Abschnitte in die Lehrpläne aufgenommen.

Im Institut wurden naturwissenschaftliche Disziplinen entwickelt, und herausragende Wissenschaftler lehrten dort. In der Mitte des 19. Jahrhunderts wurde das Institut zu einer der größten Bildungseinrichtungen Russlands, in der das System der ingenieurtechnischen Ausbildung geformt wurde.

1864 wurde das Institut als zivile Hochschule mit einer fünfjährigen Ausbildungszeit anerkannt. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts entstanden im Institut entsprechende Fakultäten und Lehrstühle in Verbindung mit der Entwicklung neuer Verkehrsmittel.

In den 1930er Jahren gab es erhebliche strukturelle Veränderungen, und auf der Basis des Instituts wurden mehrere eigenständige Bildungseinrichtungen gegründet. Nach der Reorganisation begann das Institut, Spezialisten für den Schienenverkehr auszubilden, und wurde in Leningrader Institut für Ingenieure des Schienenverkehrs umbenannt.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts entwickelte sich das Institut weiter, neue Fakultäten und Studienrichtungen wurden geschaffen, und der Lehrprozess wurde verbessert. 1993 erhielt das Institut den Status einer Universität und einen neuen Namen, Petersburger Staatliche Universität für Verkehrswesen.

Derzeit wird die Universität von dem Kandidaten der Wirtschaftswissenschaften A. J. Panytschew geleitet, während die akademische Arbeit von dem Doktor der technischen Wissenschaften L. S. Blashko koordiniert wird.