Desde finales del siglo XVIII, en Rusia, el Departamento de Comunicaciones Acuáticas y la Expedición de Construcción de Caminos eran responsables de la investigación, diseño, construcción, reconstrucción y operación de las vías de comunicación. Desde 1801 hasta 1809, estos departamentos fueron dirigidos por el conde Nikolai Petrovich Rumyantsev, un conocido funcionario y diplomático. En 1809, presentó al emperador Alejandro I un documento con propuestas para mejorar el sistema de gestión de las vías de comunicación y la creación de una institución técnica superior para la formación de ingenieros.

Basado en estas propuestas, el 20 de noviembre de 1809 se estableció la Administración de Comunicaciones Acuáticas y Terrestres, así como el Cuerpo de Ingenieros de Vías de Comunicación y el Instituto del Cuerpo de Ingenieros de Vías de Comunicación, hoy conocido como la Universidad Estatal de Transporte de San Petersburgo. El Cuerpo se encargaba de la construcción y reparación, mientras que el Instituto formaba a los ingenieros.

El primer rector del Instituto fue Agustín Agustinovich Betancourt, un científico e ingeniero español. Se formó en España y Francia, donde asistió a conferencias de científicos destacados. En Rusia, comenzó a trabajar en 1809 y formuló el objetivo del Instituto: preparar ingenieros para realizar trabajos en toda la imperio.

Betancourt utilizó la experiencia europea avanzada para organizar el proceso educativo en el Instituto, incluyendo la experiencia de sus maestros y sus propios desarrollos. El primer edificio del Instituto se ubicaba en el palacio del príncipe N. B. Yusupov, y el 1 de noviembre de 1810 se llevó a cabo su inauguración solemne.

Inicialmente, el Instituto era una institución educativa civil con un período de estudio de cuatro años. En diciembre de 1823, se transformó en una institución educativa cerrada con disciplinas militares, pero en 1864 volvió a ser civil. En la década de 1830, debido a la aparición de ferrocarriles, se incluyeron secciones correspondientes en los programas de estudio.

En el Instituto se desarrollaron disciplinas científicas naturales, y enseñaron destacados científicos. A mediados del siglo XIX, el Instituto se convirtió en una de las mayores instituciones educativas de Rusia, donde se formó el sistema de educación en ingeniería y construcción.

En 1864, el Instituto fue declarado una institución de educación superior civil con un período de estudio de cinco años. A principios del siglo XX, debido al desarrollo de nuevos tipos de transporte, aparecieron facultades y departamentos correspondientes en el Instituto.

En la década de 1930, ocurrieron cambios estructurales significativos, y se crearon varias instituciones educativas independientes sobre la base del Instituto. Después de la reorganización, el Instituto comenzó a preparar especialistas para el transporte ferroviario y fue renombrado como el Instituto de Ingenieros de Transporte Ferroviario de Leningrado.

En la segunda mitad del siglo XX, el Instituto continuó desarrollándose, se crearon nuevas facultades y especialidades, y se perfeccionó el proceso educativo. En 1993, el Instituto recibió el estatus de universidad y un nuevo nombre, la Universidad Estatal de Transporte de San Petersburgo.

Actualmente, la universidad es dirigida por el candidato a ciencias económicas A. Yu. Panychov, y el trabajo académico está a cargo del doctor en ciencias técnicas L. S. Blazhko.