Le monastère Novospassky a été fondé en 1490 par le grand-duc Ivan III sous le nom de Spasa Novogo, lorsqu'il a transféré ici des moines du monastère du Sauveur sur la Borov.

Avec l'arrivée au pouvoir des Romanov, le monastère a bénéficié du soutien royal et a commencé à prendre son apparence moderne, car il abritait la nécropole familiale de cette dynastie.

En 1646 et 1649, l'archimandrite du monastère était le futur patriarche Nikon.

Dans la crypte de la cathédrale Spaso-Transfiguration reposent les boyards Zakhariny-Koshkin, ancêtres des Romanov, ainsi que leurs parents : les princes Sitzi, Tcherkasski, Yaroslavski, Obolenski, Troekurov, Troubetskoï, Naryshkin et d'autres représentants de la noblesse de l'époque pré-pétrovienne.

Les 4/17 septembre 1995, avec la bénédiction du patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis II, les restes du grand-duc Serge Alexandrovitch, assassiné le 4/17 février 1905, ont été solennellement transférés du Kremlin au monastère.

Un monument a également été érigé sur le territoire du monastère en l'honneur du quatre-centenaire de l'élection de la dynastie des Romanov au trône.

Le monastère a été fermé en 1918, et la même année, un camp de concentration a été organisé sur son territoire. Depuis 1935, le monastère était géré par l'administration économique du NKVD.