El monasterio Novospassky fue fundado en 1490 por el gran príncipe Iván III bajo el nombre de Spas Novo, cuando trasladó aquí a los monjes del monasterio Spas en el Kremlin.

Con la llegada al poder de los Romanov, el monasterio comenzó a recibir apoyo real y adquirió un aspecto moderno, ya que aquí se encontraba la cripta familiar de esta dinastía.

En 1646 y 1649, el archimandrita del monasterio fue el futuro patriarca Nikon.

En la cripta de la catedral de Spaso-Preobrazhensky están enterrados los boyardos Zajariny-Koshkin, antepasados de los Romanov, así como sus parientes: los príncipes Sitzi, Cherkaski, Yaroslavski, Obolenski, Troekurov, Trubetskoy, Naryshkin y otros representantes de la nobleza de la época pre-petrina.

El 4/17 de septiembre de 1995, con la bendición del Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio II, se trasladaron solemnemente al monasterio desde el Kremlin los restos del gran príncipe Sergio Alexandrovich, asesinado el 4/17 de febrero de 1905.

En el territorio del monasterio también se erigió un monumento dedicado al cuatrocientos aniversario de la elección de la dinastía Romanov al trono.

El monasterio fue cerrado en 1918, y ese mismo año se organizó un campo de concentración en su territorio. Desde 1935, el monasterio fue administrado por la gestión económica del NKVD.