Le musée de Novorossiysk a été fondé le 7 juillet 1916 à l'initiative du vice-gouverneur du gouvernement de la mer Noire, L.A. Senko-Popovski, et s'appelait à l'origine le Musée de la nature et de l'histoire de la côte de la mer Noire du Caucase. Son exposition a été solennellement ouverte le 27 décembre 1916. Les principales sources de financement du musée étaient des dons volontaires de personnes soutenant son développement.

Après l'établissement du pouvoir soviétique à Novorossiysk, le musée est passé sous la gestion du Conseil municipal. Son travail a impliqué le réalisateur V.E. Meyerhold et l'écrivain F.V. Gladkov. De 1921 à 1933, le musée était dirigé par Georgy Fedoseevich Chaikovsky, qui était l'auteur de nombreux articles sur les antiquités de la région et a participé à des congrès archéologiques du Caucase du Nord. Le musée a été reconnu comme une institution scientifique et artistique et a été inscrit sur la liste des musées d'État, mais il était financé par des fonds locaux, avec l'obligation de rendre compte annuellement de ses activités.

Au début de la Grande Guerre patriotique, le musée régional de Novorossiysk était devenu une grande institution scientifique et éducative du Kouban, avec environ 7000 objets d'exposition et une bibliothèque de 44 500 livres. Cependant, pendant les années de guerre, le musée a subi d'importantes pertes : les bâtiments ont été détruits, les fonds pillés et la bibliothèque anéantie. Seule une partie des collections archéologiques et des documents a pu être évacuée à Tbilissi grâce aux efforts de l'enseignant G.P. Aleksanyan.

La restauration du musée a commencé en janvier 1944 sous la direction de la directrice V.M. Mironova. En mai 1944, un nouveau local a été trouvé, et le 7 novembre, le musée a de nouveau ouvert ses portes aux visiteurs. Son exposition comprenait à la fois des objets rescapés et de nouveaux objets. À la fin de 1947, les fonds du musée comptaient 4435 objets, et la bibliothèque, 200 livres.

En 1952, le musée est revenu dans une partie de son bâtiment d'avant-guerre et en 1953, il a ouvert une nouvelle exposition. En 1954, des fouilles de la ville de Raevsky ont commencé sous la direction de l'archéologue V.D. Blavatsky. Ces recherches ont été poursuivies dans les années 60-70 par Nadezhda Anisimovna Onaiko. Aujourd'hui, les recherches archéologiques sont menées en collaboration avec l'Institut d'archéologie de l'Académie des sciences de Russie.

En 1958, le musée a déménagé dans un nouveau local, où en 1960, une nouvelle exposition et un triptyque dioramique, dédié à la libération de Novorossiysk en 1943, ont été ouverts. En 1971, une exposition commémorative consacrée aux armes et à la technique de la Grande Guerre patriotique a été ouverte.

En 1977, le musée a reçu la maison où vivait N. Ostrovsky et une partie d'un bâtiment historique pour la salle d'exposition. Cet événement a été significatif pour la vie culturelle de la ville. Au fil des ans, les fonds du musée ont considérablement augmenté et comptent désormais plus de 150 000 objets. Les collections archéologiques continuent de s'enrichir grâce à des expéditions annuelles.

En 1982, le Musée d'État de la 18e armée a été créé, et en 1987, sur sa base et d'autres objets, le musée historique d'État de Novorossiysk a été créé. Aujourd'hui, c'est le deuxième plus grand musée du Kouban, jouant un rôle important dans l'éducation patriotique et esthétique de la jeune génération.