El museo en Novorossiysk fue fundado el 7 de julio de 1916 por iniciativa del vicegobernador de la provincia del Mar Negro, L.A. Senko-Popovski, y originalmente se llamaba Museo de la Naturaleza y la Historia de la Costa del Mar Negro del Cáucaso. Su exposición fue inaugurada solemnemente el 27 de diciembre de 1916. Las principales fuentes de financiamiento del museo fueron donaciones voluntarias de personas que apoyaban su desarrollo.

Después del establecimiento del poder soviético en Novorossiysk, el museo pasó a estar bajo la administración del Consejo Municipal. En su trabajo participaron el director V.E. Meyerhold y el escritor F.V. Gladkov. Desde 1921 hasta 1933, el museo fue dirigido por Georgiy Fedoseyevich Chaikovsky, quien fue autor de numerosos artículos sobre antigüedades de la región y participó en congresos arqueológicos del Cáucaso del Norte. El museo fue reconocido como una institución científico-artística y fue incluido en la lista de museos estatales, pero se financió con fondos locales, con la obligación de informar anualmente sobre su actividad.

A principios de la Gran Guerra Patria, el museo regional de Novorossiysk se había convertido en una importante institución científico-educativa de Kubán, con alrededor de 7000 exposiciones y una biblioteca con 44,500 libros. Sin embargo, durante los años de guerra, el museo sufrió pérdidas significativas: los edificios fueron destruidos, los fondos saqueados y la biblioteca destruida. Solo una parte de las colecciones arqueológicas y documentos pudo ser evacuada a Tbilisi gracias a los esfuerzos del maestro G.P. Aleksanyan.

La restauración del museo comenzó en enero de 1944 bajo la dirección de la directora V.M. Mironova. Para mayo de 1944, se encontró un nuevo local, y el 7 de noviembre el museo reabrió sus puertas al público. Su exposición incluyó tanto las piezas sobrevivientes como nuevas exposiciones. Para finales de 1947, los fondos del museo contaban con 4435 exposiciones, y la biblioteca, 200 libros.

En 1952, el museo regresó a parte de su edificio anterior a la guerra y en 1953 abrió una nueva exposición. En 1954 comenzaron las excavaciones del asentamiento Raevsky bajo la dirección de la arqueóloga V.D. Blavatskaya. Estas investigaciones fueron continuadas en los años 60 y 70 por Nadezhda Anisimovna Onaiko. Hoy en día, las investigaciones arqueológicas se realizan en conjunto con el Instituto de Arqueología de la RAN.

En 1958, el museo se trasladó a un nuevo local, donde en 1960 se inauguró una nueva exposición y un tríptico diorama dedicado a la liberación de Novorossiysk en 1943. En 1971 se abrió una exposición memorial dedicada a las armas y la técnica de la Gran Guerra Patria.

En 1977, se le cedió al museo la casa donde vivió N. Ostrovsky y parte de un edificio histórico para una sala de exposiciones. Este evento fue significativo para la vida cultural de la ciudad. A lo largo de los años, los fondos del museo han aumentado significativamente y ahora cuentan con más de 150,000 objetos. Las colecciones arqueológicas continúan ampliándose gracias a las expediciones anuales.

En 1982 se creó el Museo Estatal del 18º Ejército, y en 1987, sobre su base y otros objetos, se creó el Museo Estatal Histórico de Novorossiysk. Hoy en día, es el segundo museo más grande de Kubán, desempeñando un papel importante en la educación patriótica y estética de las nuevas generaciones.