Das Museum in Noworossijsk wurde am 7. Juli 1916 auf Initiative des Vizegouverneurs des Schwarzmeergebiets L.A. Senko-Popowski gegründet und hieß ursprünglich Museum für Natur und Geschichte der Schwarzmeerküste des Kaukasus. Seine Ausstellung wurde feierlich am 27. Dezember 1916 eröffnet. Die Hauptfinanzierungsquellen des Museums waren freiwillige Spenden von Menschen, die seine Entwicklung unterstützten.

Nach der Etablierung der Sowjetmacht in Noworossijsk kam das Museum unter die Verwaltung des Stadtrats. An seiner Arbeit beteiligten sich der Regisseur W.E. Meyerhold und der Schriftsteller F.W. Gladkow. Von 1921 bis 1933 leitete Georgij Fedoseewitsch Tschajkowski das Museum, der Autor zahlreicher Artikel über die Altertümer der Region und Teilnehmer an archäologischen Kongressen des Nordkaukasus. Das Museum wurde als wissenschaftlich-künstlerische Einrichtung anerkannt und in die Liste der staatlichen Museen aufgenommen, erhielt jedoch seine Finanzierung aus lokalen Mitteln mit der Verpflichtung, jährlich über seine Aktivitäten zu berichten.

Zu Beginn des Großen Vaterländischen Krieges war das Noworossijsker Heimatmuseum eine bedeutende wissenschaftliche und aufklärerische Institution Kubans mit etwa 7000 Exponaten und einer Bibliothek mit 44.500 Büchern. Während des Krieges erlitt das Museum jedoch erhebliche Verluste: Die Gebäude wurden zerstört, die Bestände geplündert und die Bibliothek vernichtet. Nur ein Teil der archäologischen Sammlungen und Dokumente konnte dank der Bemühungen des Lehrers G.P. Aleksanjan nach Tiflis evakuiert werden.

Die Wiederherstellung des Museums begann im Januar 1944 unter der Leitung der Direktorin W.M. Mironowa. Bis Mai 1944 wurde ein neuer Standort gefunden, und am 7. November öffnete das Museum erneut für Besucher. In seine Ausstellung wurden sowohl erhaltene als auch neue Exponate aufgenommen. Ende 1947 umfassten die Bestände des Museums 4435 Exponate, und die Bibliothek 200 Bücher.

Im Jahr 1952 kehrte das Museum in einen Teil seines Vorkriegsgebäudes zurück und eröffnete 1953 eine neue Ausstellung. 1954 begannen die Ausgrabungen der Raevskij-Siedlung unter der Leitung des Archäologen W.D. Blawatskij. Diese Forschungen setzte in den 60er und 70er Jahren Nadeschda Anisimowna Onajko fort. Heute werden archäologische Forschungen gemeinsam mit dem Institut für Archäologie der RAN durchgeführt.

Im Jahr 1958 zog das Museum in neue Räumlichkeiten, wo 1960 eine neue Ausstellung und ein dioramatischer Triptychon, das der Befreiung Noworossijsk 1943 gewidmet war, eröffnet wurden. 1971 wurde eine Gedenkausstellung eröffnet, die den Waffen und der Technik des Großen Vaterländischen Krieges gewidmet war.

1977 erhielt das Museum ein Haus, in dem N. Ostrowski lebte, und einen Teil des historischen Gebäudes für einen Ausstellungsraum. Dieses Ereignis war bedeutend für das kulturelle Leben der Stadt. Im Laufe der Jahre haben sich die Bestände des Museums erheblich vergrößert und umfassen jetzt über 150.000 Objekte. Die archäologischen Sammlungen werden weiterhin durch jährliche Expeditionen ergänzt.

1982 wurde das Staatliche Museum der 18. Armee gegründet, und 1987 wurde auf seiner Basis und anderen Objekten das Noworossijsker Staatliche Historische Museum-Reservat gegründet. Heute ist es das zweitgrößte Museum Kubans, das eine wichtige Rolle in der patriotischen und ästhetischen Erziehung der jungen Generation spielt.