Au XIXe siècle, à l'emplacement de l'actuelle église Nikolaï se trouvait une chapelle en bois et une petite maison de prière des vieux-croyants. Selon une version, elle a été construite en 1815 grâce aux fonds du marchand N.D. Tsarsky, ce qui lui a valu le nom non officiel de « maison de prière tsariste ». Plus tard, le terrain est passé aux Rahmanov, et la communauté formée autour de la maison de prière a commencé à s'appeler « rahmanovskaya ». Dans les années 1870, la chapelle a été dotée d'un autel et a été transformée en église, qui a été définitivement établie après 1905, lorsque les vieux-croyants ont été autorisés à construire officiellement leurs églises.

Le projet de la nouvelle église à la porte de Tver, élaboré par l'architecte I.G. Kondratenko, a été approuvé en 1908, mais sa réalisation a commencé plus tard. Le dernier service dans l'ancien bâtiment a eu lieu le 16 mars 1914, après quoi il a été démoli et la construction de la nouvelle église au nom de saint Nicolas le Miracle-Faire a commencé selon le projet de l'architecte A.M. Gurzhienko.

L'église est réalisée dans un style néo-russe, inspiré de l'architecture novgorodienne. Elle est à coupole unique, avec trois arcs en plein cintre de chaque côté, renforcée par des contreforts et percée de longues fenêtres en fente, rappelant l'église du Sauveur sur la Nereditsa à Veliki Novgorod. Une cloche en forme de tente est adjointe à l'église, avec une chapelle au nom du prophète Élie. Les façades sont ornées de décor en brique, caractéristique de l'architecture du nord.

La Première Guerre mondiale a ralenti la construction, mais ne l'a pas arrêtée. Des fonds ont été donnés par des vieux-croyants célèbres : S.T. Morozov, E.V. Sherupenkova, P.V. Ivanov, A.E. Rusakov. L'église a été achevée en gros en 1915 et consacrée en 1921 après l'achèvement de l'aménagement intérieur. Les services religieux ont cessé en 1940-1941, mais avant le début de la Grande Guerre patriotique, une maison de prière des adventistes du septième jour se trouvait dans la cave. Pendant la guerre, le bâtiment a été utilisé comme entrepôt de la défense aérienne de Moscou, puis comme atelier de sculpture du ministère de la Culture de l'URSS. On pense que le sculpteur S.M. Orlov y a travaillé sur le monument à Youri Dolgorouki. L'intérieur et la disposition ont été complètement modifiés, l'église a perdu sa coupole et le toit de la cloche.

La première prière dans la chapelle du prophète Élie a eu lieu en 1995, à partir de ce moment a commencé le processus de transfert du bâtiment à la communauté des vieux-croyants et sa restauration. Dans les années 2000, le développement historique autour de l'église a été démoli et remplacé par des bâtiments de plusieurs étages de nouvelle architecture, créant un nouveau fond dissonant pour l'église.