En el siglo XIX, en el lugar de la actual iglesia Nikolskaya, había una capilla de madera y una pequeña casa de oración de los viejos creyentes. Según una de las versiones, fue construida en 1815 con fondos del comerciante N.D. Tsarsky, gracias a lo cual recibió el nombre no oficial de "Casa de oración del Zar". Más tarde, el terreno pasó a los Rahmanov, y la comunidad que se formó alrededor de la casa de oración comenzó a llamarse "rahmanovskaya". En la década de 1870, la capilla adquirió un altar y fue transformada en templo, que se formalizó definitivamente después de 1905, cuando se permitió a los viejos creyentes construir oficialmente sus iglesias.

El proyecto del nuevo templo en la Puerta Tverskaya, desarrollado por el arquitecto I.G. Kondratenko, fue aprobado en 1908, pero su realización comenzó más tarde. El último servicio en el antiguo edificio tuvo lugar el 16 de marzo de 1914, después de lo cual fue desmantelado y comenzó la construcción de una nueva iglesia en honor a San Nicolás el Milagroso, según el proyecto del arquitecto A.M. Gurzhienko.

El templo está realizado en estilo neorruso, inspirado en la arquitectura novgorodiana. Tiene una cúpula, con tres arcos en cada lado, reforzado con contrafuertes y atravesado por largas ventanas en forma de ranura, recordando a la iglesia de Spasa en Nereditsa en Veliky Novgorod. Al templo se le adosó un campanario con cúpula y una capilla en honor al Profeta Elías. Las fachadas están decoradas con ladrillos, un adorno característico de la arquitectura del norte.

La Primera Guerra Mundial ralentizó la construcción, pero no la detuvo. Conocidos viejos creyentes donaron fondos: S.T. Morozov, E.V. Sherupenkova, P.V. Ivanov, A.E. Rusakov. El templo fue terminado en su estructura en 1915 y consagrado en 1921 tras la finalización de la decoración de los interiores. Los servicios religiosos se detuvieron en 1940-1941, pero antes del inicio de la Gran Guerra Patria, en el sótano había una casa de oración de los adventistas del séptimo día. Durante la guerra, el edificio se utilizó como almacén de defensa aérea de Moscú, y más tarde como taller de escultura del Ministerio de Cultura de la URSS. Se considera que aquí el escultor S.M. Orlov trabajó en el monumento a Yuri Dolgoruki. La decoración interior y la planificación fueron completamente modificadas, y el templo perdió su cúpula y el campanario.

La primera oración en la capilla del Profeta Elías tuvo lugar en 1995, desde entonces comenzó el proceso de transferencia del edificio a la comunidad de viejos creyentes y su restauración. En la década de 2000, la construcción histórica alrededor del templo fue demolida y reemplazada por edificios de varios pisos de nueva arquitectura, lo que creó un nuevo fondo disonante para la iglesia.