Im 19. Jahrhundert befand sich an der Stelle der heutigen Nikolaikirche eine hölzerne Kapelle und ein kleines altgläubiges Gebetshaus. Einer Version nach wurde sie 1815 mit Mitteln des Kaufmanns N.D. Zarskij erbaut, weshalb sie den inoffiziellen Namen „Zarskoje Gebetshaus“ erhielt. Später ging das Grundstück an die Rachmanows über, und die Gemeinschaft, die sich um das Gebetshaus bildete, wurde „rachmanowskaja“ genannt. In den 1870er Jahren erhielt die Kapelle einen Altar und wurde in eine Kirche umgewandelt, die nach 1905 endgültig Gestalt annahm, als den Altgläubigen erlaubt wurde, offiziell ihre Kirchen zu bauen.

Das Projekt der neuen Kirche an der Tverskaja-Zufahrt, entworfen von dem Architekten I.G. Kondratenko, wurde 1908 genehmigt, aber die Umsetzung begann später. Der letzte Gottesdienst im alten Gebäude fand am 16. März 1914 statt, danach wurde es abgerissen und der Bau einer neuen Kirche im Namen des heiligen Nikolaus von Myra nach dem Entwurf des Architekten A.M. Gurzhienko begann.

Die Kirche ist im neorussischen Stil ausgeführt, inspiriert von der Architektur Nowgorods. Sie hat eine Kuppel, drei Zwerchhäuser auf jeder Seite, ist mit Strebepfeilern verstärkt und hat lange schmale Fenster, die an die Kirche des Erlösers in Nereditsa in Wladimir erinnern. An die Kirche wurde ein schindelgedeckter Glockenturm mit einer Kapelle im Namen des Propheten Elia angebaut. Die Fassaden sind mit Ziegeldesigns geschmückt, die für die nordische Architektur charakteristisch sind.

Der Erste Weltkrieg verzögerte den Bau, stoppte ihn jedoch nicht. Bekannte Altgläubige spendeten Geld: S.T. Morozov, E.V. Sherupenkova, P.V. Ivanov, A.E. Rusakov. Die Kirche wurde 1915 grob fertiggestellt und 1921 nach Abschluss der Innenausstattung geweiht. Die Gottesdienste wurden 1940-1941 eingestellt, aber bis zum Beginn des Großen Vaterländischen Krieges befand sich im Keller ein Gebetshaus der Siebenten-Tags-Adventisten. Während des Krieges wurde das Gebäude als Lager für die Luftverteidigung Moskaus genutzt und später als Bildhauerwerkstatt des Ministeriums für Kultur der UdSSR. Es wird angenommen, dass der Bildhauer S.M. Orlov hier an dem Denkmal für Jurij Dolgorukij arbeitete. Die Innenausstattung und der Grundriss wurden vollständig verändert, die Kirche verlor ihre Kuppel und den Glockenturm.

Der erste Gottesdienst in der Kapelle des Propheten Elia fand 1995 statt, seitdem begann der Prozess der Übergabe des Gebäudes an die altgläubige Gemeinschaft und seiner Restaurierung. In den 2000er Jahren wurde die historische Bebauung rund um die Kirche abgerissen und durch mehrstöckige Gebäude neuer Architektur ersetzt, was einen neuen, dissonierenden Hintergrund für die Kirche schuf.