Le monastère a été fondé au XVe siècle dans une région connue sous le nom de Babayki, où des rames étaient conservées sur la rive de la rivière pour le flottage du bois. Cet endroit se trouve près du village de Bolshie Soli, entre Iaroslavl et Kostroma. La fondation du monastère est liée à la découverte ici au XIVe siècle de l'icône de Nicolas le Miracleux, qui est arrivée sur l'une des rames. À l'origine, l'icône a été placée dans une chênaie au sud du futur monastère. Le fondateur est considéré comme étant un élève de Serge de Radonège nommé Silouane.

Le tsar Alexeï Mikhaïlovitch a offert un moulin au monastère. Au début du XVIIIe siècle, le monastère possédait de vastes terres dans la province de Kostroma. En 1719, un incendie a détruit une grande partie des biens et des archives du monastère. En 1764, par décret de Catherine II, le monastère a été classé parmi les monastères supplémentaires.

Nicolas Nekrasov visitait souvent le monastère de Babay, car son enfance s'est déroulée à proximité, sur l'autre rive de la Volga, dans le village de Greshnevo. Le monastère est mentionné dans son poème « La douleur de l'ancien Naoum ».

Avant la révolution, les bâtiments du monastère étaient conservés, le principal étant la cathédrale Nicolas, construite au XIXe siècle. En 1861 et 1867, le saint Ignace de Brianchaninov y a vécu, trouvant des fonds pour la réparation des bâtiments et la construction de l'église de l'icône de la Mère de Dieu de Iver. Il menait une vie de prière solitaire, écrivait des œuvres célèbres et entretenait une correspondance avec ses enfants spirituels. Après sa mort en 1867, il a été enterré près de la petite église hospitalière de Serge de Radonège.

Le monastère a été fermé en 1919, et la cathédrale a été détruite en 1940. L'église Nicolas a également été démolie. Certains documents du monastère ont été transférés à Moscou et sont maintenant conservés à l'RGADA. À l'époque soviétique, un sanatorium pour enfants atteints de tuberculose osseuse se trouvait à l'emplacement du monastère. En 1988, avant la canonisation d'Ignace de Brianchaninov, ses reliques ont été transférées au monastère de Tolga.

Le monastère a été ressuscité en 1998 sous la direction de l'archimandrite Boris Doljenko. Depuis 2003, l'ancien métropolite Simon Novikov, ancien de Riazan, y a vécu, et il est décédé et a été enterré dans le monastère.

La principale fête du monastère est le jour de la naissance du saint Nicolas le Miracleux, célébré le 29 juillet selon le style ecclésiastique et le 11 août selon le nouveau style.

La cathédrale monastique moderne est construite dans un style rappelant les églises de la Novgorod médiévale et ne correspond pas à la tradition architecturale de la Haute Volga.