L'idée de créer un musée public à Kazan est née parmi les enseignants de l'Université de Kazan, qui possédait d'importantes collections locales et scientifiques. À la fin des années 1870, le professeur N. P. Zagoskine a soulevé la question de la création d'un musée municipal lors des réunions de la Société d'archéologie, d'histoire et d'ethnographie de l'Université impériale de Kazan.

Lors de l'Exposition artisanale et agricole de Kazan en 1886, organisée par la section de Kazan de la Société technique russe, le projet de musée proposé par A. P. Orlov, directeur de l'École réelle de Kazan, a été discuté lors de la réunion du 31 août. Avec le soutien de l'administration provinciale et de la Douma municipale, ainsi que du membre de la Société d'archéologie, le professeur N. A. Osokin, le projet du Musée pédagogique municipal a été approuvé.

L'Exposition scientifique et industrielle panrusse, qui s'est tenue à Kazan du 15 mai au 16 septembre 1890, a apporté des revenus significatifs à la ville et des expositions uniques. Le maire S. V. Dyachenko, dans son discours de clôture de l'exposition, a appelé à soutenir la création d'un musée municipal, proposant aux habitants de transmettre au musée des collections privées, universitaires et publiques d'antiquités historiques.

Un nouveau projet et le règlement du musée ont été élaborés par R. V. Rizpolozhensky. En mai 1891, lors d'une réunion de la Douma municipale, une Commission pour l'organisation du musée a été élue. Pour collecter des fonds pour sa création, une souscription a été organisée, rassemblant plus de 5000 roubles. Des marchands et industriels kazanais célèbres, tels qu'I. I. Alafuzov, P. V. Shchetinkin et d'autres, ont contribué. Grâce à un don généreux de 500 000 roubles en argent de O. S. Alexandrov-Geyns, il a été décidé de placer le musée dans le bâtiment du Gostiny Dvor sur la rue Voskresenskaya.

La collection du musée était principalement constituée d'un ensemble de 40 000 pièces de l'archéologue kazanais A. F. Likhachev, transmis à la ville par son frère, l'amiral vice-amiral I. F. Likhachev en 1891.

Le règlement du musée a été approuvé en 1894, et son ouverture solennelle a eu lieu le 5 avril 1895. À l'inauguration, étaient présents des professeurs, des enseignants et des étudiants de l'Université de Kazan et de l'institut vétérinaire, des membres de la Douma municipale, le gouverneur de la province de Kazan P. A. Poltoratsky, le curateur du district éducatif de Kazan V. A. Popov et d'autres fonctionnaires, l'archimandrite Philaret et des représentants des établissements d'enseignement de la ville.

Des scientifiques de l'Université de Kazan, tels qu'A. A. Shtukenberg, N. P. Zagoskine et d'autres, ont participé à la formation des premières collections du musée. Le musée a été activement enrichi grâce aux collectionneurs et mécènes kazanais, y compris V. I. Zausailov et O. S. Alexandrov-Geyns.

Le musée occupait le premier et le deuxième étages du Gostiny Dvor et se composait de quatre départements : éducatif, historique-ethnographique, historique-naturel et le Musée A. F. Likhachev. Un patronage spécial a été créé pour ce dernier. Les directeurs des départements étaient des professeurs de l'Université de Kazan, et le premier président du Conseil du musée et son directeur était le maire S. V. Dyachenko.

Le nom du musée a changé plusieurs fois : depuis 1918, il est devenu le Musée provincial, depuis 1921, le Musée central de l'ATSSR, depuis 1944, le Musée d'État de la TASSR, depuis 1982, le Musée d'État unifié de la TASSR, et depuis 2001, le Musée national de la République du Tatarstan.