Die Idee zur Gründung eines öffentlichen Museums in Kasan entstand unter den Lehrenden der Kasaner Universität, die über umfangreiche heimatkundliche und wissenschaftliche Sammlungen verfügte. Ende der 1870er Jahre brachte Professor N. P. Zagoskine in den Sitzungen der Gesellschaft für Archäologie, Geschichte und Ethnographie an der Kaiserlichen Kasaner Universität die Frage nach der Schaffung eines städtischen Museums auf.

Während der Kasaner Handwerks- und Landwirtschaftsausstellung 1886, organisiert vom Kasaner Zweig der Russischen Technischen Gesellschaft, wurde am 31. August ein Museumsprojekt, vorgeschlagen von A. P. Orlov, dem Direktor der Kasaner Real-Schule, diskutiert. Mit Unterstützung des Gubernial-Zemstvos und der Stadtverordnetenversammlung sowie des Mitglieds der Gesellschaft für Archäologie, Professor N. A. Osokin, wurde das Projekt des Stadtpädagogischen Museums genehmigt.

Die Allrussische wissenschaftlich-industrielle Ausstellung, die vom 15. Mai bis 16. September 1890 in Kasan stattfand, brachte der Stadt erhebliche Einnahmen und einzigartige Exponate. Der Stadtoberhaupt S. V. D'yachenko rief in seiner Rede zur Schließung der Ausstellung dazu auf, die Schaffung eines städtischen Museums zu unterstützen, und schlug den Bürgern vor, private, universitäre und öffentliche Sammlungen historischer Antiquitäten dem Museum zu übergeben.

Ein neues Projekt und die Satzung des Museums wurden von R. V. Rizpolozhenskiy entwickelt. Im Mai 1891 wurde in der Sitzung der Stadtverordnetenversammlung eine Kommission zur Organisation des Museums gewählt. Um Mittel für seine Gründung zu sammeln, wurde eine Zeichnung durchgeführt, die über 5000 Rubel einbrachte. Bekannte Kasaner Kaufleute und Industrielle, wie I. I. Alafuzov, P. V. Shchetinkin und andere, leisteten ihren Beitrag. Dank einer großzügigen Spende von O. S. Alexandrovna-Geyns in Höhe von 500.000 Rubel in Silber wurde beschlossen, das Museum im Gebäude des Handelszentrums in der Voskresenskaya-Straße unterzubringen.

Die Grundlage der Sammlung des Museums bildete eine 40.000 Stück umfassende Sammlung des Kasaner Archäologen A. F. Likhachyov, die ihm 1891 von seinem Bruder, dem Vizeadmiral I. F. Likhachyov, übergeben wurde.

Die Satzung des Museums wurde 1894 genehmigt, und seine feierliche Eröffnung fand am 5. April 1895 statt. Bei der Eröffnung waren Professoren, Lehrende und Studierende der Kasaner Universität und der Veterinärmedizinischen Hochschule, Mitglieder der Stadtverordnetenversammlung, der Gouverneur der Kasaner Provinz P. A. Poltoratskiy, der Aufseher des Kasaner Bildungsbezirks V. A. Popov und andere Beamte, Archimandrit Philaret und Vertreter der städtischen Bildungseinrichtungen anwesend.

An der Bildung der ersten Museums-Sammlungen waren Wissenschaftler der Kasaner Universität beteiligt, wie A. A. Shtukenberg, N. P. Zagoskine und andere. Das Museum wurde aktiv durch Kasaner Sammler und Mäzene, darunter V. I. Zausailov und O. S. Alexandrovna-Geyns, ergänzt.

Das Museum nahm die ersten und zweiten Etagen des Handelszentrums ein und bestand aus vier Abteilungen: der Lehrabteilung, der historisch-ethnographischen Abteilung, der naturhistorischen Abteilung und dem Museum von A. F. Likhachyov. Für letzteres wurde eine besondere Aufsicht eingerichtet. Die Direktoren der Abteilungen wurden Professoren der Kasaner Universität, und der erste Vorsitzende des Museumsrates und sein Direktor wurde der Stadtoberhaupt S. V. D'yachenko gewählt.

Der Name des Museums änderte sich mehrmals: Ab 1918 wurde es zum Gubernialmuseum, ab 1921 zum Zentralmuseum der TASSR, ab 1944 zum Staatlichen Museum der TASSR, ab 1982 zum Staatlichen vereinigten Museum der TASSR und seit 2001 zum Nationalmuseum der Republik Tatarstan.