La idea de crear un museo público en Kazán surgió entre los profesores de la Universidad de Kazán, que poseía amplias colecciones de historia local y científicas. A finales de la década de 1870, el profesor N. P. Zagóskin planteó en las reuniones de la Sociedad de Arqueología, Historia y Etnografía del Imperio de la Universidad de Kazán la cuestión de la creación de un museo municipal.

Durante la Exposición de Artesanía y Agricultura de Kazán de 1886, organizada por la sección de Kazán de la Sociedad Técnica Rusa, se discutió el proyecto del museo propuesto por A. P. Orlov, director de la escuela real de Kazán, en la reunión del 31 de agosto. Con el apoyo de la Zemstvo provincial y la Duma Municipal, así como del miembro de la Sociedad de Arqueología, el profesor N. A. Osokin, se aprobó el proyecto del Museo Pedagógico Municipal.

La Exposición Científico-Industrial de toda Rusia, que tuvo lugar en Kazán del 15 de mayo al 16 de septiembre de 1890, trajo a la ciudad ingresos significativos y exposiciones únicas. El alcalde S. V. Diáchenko, en su discurso de clausura de la exposición, instó a apoyar la creación del museo municipal, sugiriendo a los residentes que donaran colecciones privadas, universitarias y públicas de antigüedades históricas al museo.

El nuevo proyecto y los estatutos del museo fueron elaborados por R. V. Rizpolozhenski. En mayo de 1891, en una reunión de la Duma Municipal, se eligió la Comisión para la organización del museo. Se realizó una suscripción para recaudar fondos para su creación, que reunió más de 5000 rublos. Contribuyeron comerciantes e industriales conocidos de Kazán, como I. I. Alafúzov, P. V. Shchetinkin y otros. Gracias a la generosa donación de O. S. Aleksándrova-Géins de 500,000 rublos en plata, se decidió ubicar el museo en el edificio del Mercado en la calle Voskresenskaya.

La base de la colección del museo consistió en un conjunto de 40,000 piezas del arqueólogo kazano A. F. Lijachov, que fue entregado a la ciudad por su hermano, el vicealmirante I. F. Lijachov, en 1891.

Los estatutos del museo fueron aprobados en 1894, y su inauguración solemne tuvo lugar el 5 de abril de 1895. En la inauguración estuvieron presentes profesores, docentes y estudiantes de la Universidad de Kazán y del Instituto Veterinario, miembros de la Duma Municipal, el gobernador de la provincia de Kazán P. A. Poltoratski, el inspector del distrito educativo de Kazán V. A. Popov y otros funcionarios, el archimandrita Filaret y representantes de instituciones educativas de la ciudad.

En la formación de las primeras colecciones del museo participaron científicos de la Universidad de Kazán, como A. A. Shtukenberg, N. P. Zagóskin y otros. El museo se enriqueció activamente gracias a coleccionistas y mecenas de Kazán, incluidos V. I. Zaúsailov y O. S. Aleksándrova-Géins.

El museo ocupaba el primer y segundo piso del Mercado y constaba de cuatro departamentos: educativo, histórico-etnográfico, de historia natural y el Museo A. F. Lijachov. Para este último se creó un patronato especial. Los directores de los departamentos fueron profesores de la Universidad de Kazán, y el primer presidente del Consejo del museo y su director fue elegido el alcalde S. V. Diáchenko.

El nombre del museo cambió varias veces: desde 1918 se convirtió en Museo Provincial, desde 1921, Museo Central de la República Autónoma de Tartaristán, desde 1944, Museo Estatal de la República Autónoma de Tartaristán, desde 1982, Museo Estatal Unificado de la República Autónoma de Tartaristán, y desde 2001, Museo Nacional de la República de Tartaristán.