Le 9 mai 1919, la première réunion de la « Société d'étude de la région du Baïkal » a eu lieu, au cours de laquelle le musée a été fondé. L'une de ses premières expositions a été l'horloge murale du décembriste N. A. Bestoujev, qu'il avait assemblée pendant son exil à l'usine de Petrovsk.

En 1921, le musée régional du Baïkal a commencé à fonctionner dans le bâtiment de l'ancienne école réelle. En 1923, par décision du comité révolutionnaire bouriate sous la direction de M. N. Erbanov, le musée a été transformé en musée national bouriate-mongol, connu sous le nom de musée régional d'Ourga.

Le musée a ouvert ses portes au début d'avril 1924, présentant une exposition dans trois salles. Sa collection comprenait des objets du Bourvystkom et du Pribgubvystkom, ainsi que des articles présentés par l'ASSR bouriate-mongole à l'Exposition agricole et artisanale de toute la Russie. La collection a été divisée en trois sections : historique-culturelle, historique-naturelle et socio-économique. Du 18 mai au 15 septembre 1924, les fonds du musée ont augmenté de 1199 objets. À l'automne 1924, le musée a commencé son déménagement dans le bâtiment de l'ancien passage commercial du marchand Vtorov.

Du 18 au 23 mai 1930, le musée a accueilli la première exposition de billets et de timbres en Bouriatie, où jusqu'à 1 000 billets et 400 timbres étaient présentés.

Le 12 juillet 1983, le Musée de la nature de Bouriatie a ouvert ses portes à Oulan-Oude, créé sur la base du département de la nature du musée régional d'Ourga.

Depuis 2011, le musée fait partie de l'établissement culturel autonome d'État de la République de Bouriatie « Musée national de la République de Bouriatie ».