El 9 de mayo de 1919 se llevó a cabo la primera reunión de la "Sociedad de Estudio de Baikal", durante la cual se fundó el museo. Uno de sus primeros exposiciones fueron los relojes de pared del decembrista N. A. Bestúzhev, que él reunió durante su prisión en la fábrica de Petrovsk.

En 1921, en el edificio de la antigua Escuela Real, comenzó a funcionar el Museo Regional de Baikal. En 1923, por decisión del Comité Revolucionario de Buriatia bajo la dirección de M. N. Erbanov, el museo fue transformado en el Museo Nacional Buriato-Mongol, conocido como el Museo Local de Verkhneudinsk.

El museo abrió sus puertas a principios de abril de 1924, ubicando su exposición en tres habitaciones. Su colección incluyó exposiciones del Burvystkom y del Pribgubvystkom, así como objetos presentados por la República Autónoma Buriato-Mongol en la Exposición Agrícola y de Artesanía de toda Rusia. La colección se dividió en tres secciones: cultural-histórica, natural-histórica y socioeconómica. Desde el 18 de mayo hasta el 15 de septiembre de 1924, los fondos del museo aumentaron en 1199 objetos. En otoño de 1924, el museo comenzó su mudanza al edificio del antiguo pasaje comercial del comerciante Vtorov.

Del 18 al 23 de mayo de 1930, se llevó a cabo en el museo la primera exposición de billetes y sellos postales en Buriatia, donde se presentaron hasta 1,000 billetes y 400 sellos.

El 12 de julio de 1983, se inauguró en Ulan-Udé el Museo de la Naturaleza de Buriatia, creado a partir del departamento de naturaleza del Museo Local de Verkhneudinsk.

Desde 2011, el museo forma parte de la Institución Cultural Autónoma Estatal de la República Buriatia "Museo Nacional de la República Buriatia".