Am 9. Mai 1919 fand die erste Versammlung der "Gesellschaft zur Erforschung des Baikalgebiets" statt, während der das Museum gegründet wurde. Eines der ersten Exponate waren die Wanduhren des Dekabristen N. A. Bestuschew, die er während seiner Verbannung im Petrowsker Werk gesammelt hatte.

Im Jahr 1921 begann im Gebäude der ehemaligen Real-Schule das Arbeiten des Pri-Baikal-Museums. 1923 wurde das Museum auf Beschluss des Burjatischen Revolutionären Komitees unter der Leitung von M. N. Erbanow in das Burjatisch-Mongolische Nationalmuseum umgewandelt, bekannt als das Ober-Udinsk Heimatmuseum.

Das Museum öffnete Anfang April 1924 seine Türen und stellte seine Exponate in drei Räumen aus. In seine Sammlung wurden Exponate des Burwystkom und des Pribgubwystkom sowie Gegenstände, die die Burjatisch-Mongolische ASSR auf der Allrussischen Landwirtschafts- und Handwerksausstellung präsentierte, aufgenommen. Die Sammlung wurde in drei Abschnitte unterteilt: kulturell-historisch, naturhistorisch und gesellschaftlich-wirtschaftlich. Vom 18. Mai bis 15. September 1924 wuchs der Bestand des Museums um 1199 Objekte. Im Herbst 1924 begann das Museum mit dem Umzug in das Gebäude des ehemaligen Handelspassage des Kaufmanns Wtorow.

Vom 18. bis 23. Mai 1930 fand im Museum die erste Ausstellung von Banknoten und Briefmarken in Burjatien statt, bei der bis zu 1.000 Banknoten und 400 Marken präsentiert wurden.

Am 12. Juli 1983 wurde in Ulan-Ude das Naturmuseum Burjatiens eröffnet, das auf der Grundlage der Abteilung für Natur des Ober-Udinsk Heimatmuseums gegründet wurde.

Seit 2011 gehört das Museum zum Staatlichen autonomen Kultureinrichtung der Republik Burjatien "Nationalmuseum der Republik Burjatien".