Le monastère de Muézer a été fondé au milieu du XVIe siècle par le moine Cassien de Muézer des Solovki. Bien que les dates exactes de sa vie et de sa canonisation soient inconnues, il est inclus dans le Synode des saints de Novgorod.

Le monastère abritait une église en l'honneur de la Sainte Trinité, qui n'a pas été conservée. En 1602, une église en bois chaude dédiée à Nicolas a été construite, ayant la forme d'un carré allongé avec un toit à deux pentes sur le parvis et l'autel, à coupole unique avec un clocher.

Il y avait aussi un clocher et une chapelle du Sauveur Non-Fait de Main, où se trouvaient des croix en bois : une de quatre mètres, fabriquée par le vieux Alexis en 1672, et une de trois mètres. Dans l'autel de l'église de Nicolas se trouvait une croix avec l'inscription : « Ce croix a été érigée par le vieux moine Gennady en l'an 1573, le 11 août ». Au début des années 1960, cette croix a été transportée à Leningrad par une expédition du Musée Russe.

En 1580, le monastère, sous la direction du voïvode Kypriyan Onichkov, a résisté à un siège de trois mille Suédois. Par décret de Catherine II, en 1764, le monastère a été supprimé, et les églises ont longtemps été rattachées à la paroisse de Maslozersk et n'avaient pas de clergé propre.

Après la suppression au XVIIIe siècle, des moines vieux-croyants se sont installés dans le monastère, et un cimetière vieux-croyant a été conservé. Jusqu'à nos jours, l'église de Nicolas, restaurée en 1976, où un service est célébré une fois par an, et la chapelle au nom du Sauveur Non-Fait de Main ont survécu.

Une chapelle-tombeau avec un cercueil a été conservée, dans lequel se trouvent peut-être les reliques de l'un des bâtisseurs du monastère, présumément Cassien de Muézer. Selon d'autres sources, le vénérable Cassien est mort au monastère de Spaso-Transfiguration de Ken, et ses reliques ont été transférées au monastère d'Antoniev-Siy.

Par décision du Conseil des ministres de la RSFSR, l'église de Nicolas et les chapelles ont été reconnues comme monuments d'architecture et objets du patrimoine culturel de la Russie. Le 12 décembre 2014, une rencontre a eu lieu au ministère de la culture de la République de Carélie entre l'évêque de Kostomouksha et de Kem, Ignat, et la ministre de la culture, E. V. Bogdanova, au cours de laquelle des questions concernant la renaissance du monastère masculin de la Trinité de Muézer ont été discutées.