El monasterio de Muézer fue fundado a mediados del siglo XVI por el monje Kassian de Muézer de Solovki. Aunque se desconocen las fechas exactas de su vida y canonización, está incluido en el Sínodo de los Santos de Novgorod.

En el monasterio había una iglesia en honor a la Santísima Trinidad, que no se ha conservado. En 1602 se construyó una iglesia de madera cálida dedicada a San Nicolás, con forma de cuadrado alargado y un techo a dos aguas en el pórtico y el altar, de una sola cúpula con un pináculo.

También había un campanario y una capilla de celda dedicada al Salvador No Hecho por Manos, donde se encontraban cruces de madera: una de cuatro metros, hecha por el anciano Alexei en 1672, y otra de tres metros. En el altar de la iglesia de San Nicolás había una cruz con la inscripción: "este cruz fue erigida por el anciano monje Genady en el año 1573, el 11 de agosto". A principios de la década de 1960, esta cruz fue llevada a Leningrado por una expedición del Museo Ruso.

En 1580, el monasterio, bajo la dirección del voivoda Kipriyan Onichkov, resistió el asedio de tres mil suecos. Por orden de Catalina II, en 1764 el monasterio fue disuelto, y las iglesias fueron durante mucho tiempo parte de la parroquia de Maslozersk y no tuvieron su propio clero.

Después de la disolución en el siglo XVIII, se establecieron en el monasterio monjes de la antigua creencia, y se conservó un cementerio de la antigua creencia. Hasta nuestros días ha llegado la iglesia de San Nicolás, restaurada en 1976, donde se celebra un servicio una vez al año, y la capilla en honor al Salvador No Hecho por Manos.

Se ha conservado una capilla-tumba con un ataúd, en el que, posiblemente, se encuentran las reliquias de uno de los constructores del monasterio, presumiblemente Kassian de Muézer. Según otros datos, el venerable Kassian murió en el monasterio de Spaso-Preobrazhensky en Ken, y sus reliquias fueron trasladadas al monasterio de Antoniev-Siy.

Por resolución del Consejo de Ministros de la RSFSR, la iglesia de San Nicolás y las capillas fueron reconocidas como monumentos arquitectónicos y objetos del patrimonio cultural de Rusia. El 12 de diciembre de 2014, en el Ministerio de Cultura de la República de Carelia, se llevó a cabo una reunión del obispo de Kostomuksha y Kem, Ignatius, con la ministra de Cultura, E. V. Bogdanova, donde se discutieron cuestiones sobre la revitalización del monasterio masculino de la Trinidad de Muézer.