Das Muëzerski Kloster wurde Mitte des 16. Jahrhunderts von dem Mönch Kassian Muëzerski von den Solowki gegründet. Obwohl die genauen Daten seines Lebens und seiner Heiligsprechung unbekannt sind, ist er in den Katalog der Heiligen von Nowgorod aufgenommen.

Beim Kloster befand sich eine Kirche zu Ehren der Lebensspendenden Dreifaltigkeit, die nicht erhalten geblieben ist. Im Jahr 1602 wurde eine warme hölzerne Nikolauskirche errichtet, die die Form eines länglichen Quadrats mit einem Satteldach über der Vorhalle und dem Altar hatte, einheitlich mit einem Turm.

Im Kloster gab es auch einen Glockenturm und eine Zelle mit der Kapelle des ungemachten Erlösers, wo sich hölzerne Kreuze befanden: ein vier Meter hohes, das von dem Ältesten Alexei im Jahr 1672 gefertigt wurde, und ein drei Meter hohes. Im Altar der Nikolauskirche stand ein Kreuz mit der Inschrift: „Dieses Kreuz stellte der ursprüngliche Älteste Mönch Genadij im Jahr 1573 am 11. August auf“. In den frühen 1960er Jahren wurde dieses Kreuz von einer Expedition des Russischen Museums nach Leningrad gebracht.

Im Jahr 1580 hielt das Kloster unter der Führung des Woiwoden Kiprian Onichkov die Belagerung von dreitausend Schweden stand. Auf Erlass von Katharina II. wurde das Kloster im Jahr 1764 aufgelöst, und die Kirchen gehörten lange Zeit zur Maslozerski-Gemeinde und hatten keinen eigenen Klerus.

Nach der Auflösung im 18. Jahrhundert ließen sich Altgläubige im Kloster nieder, und der alte Friedhof der Altgläubigen blieb erhalten. Bis heute sind die Nikolauskirche, die 1976 restauriert wurde und in der einmal im Jahr ein Gottesdienst stattfindet, und die Kapelle im Namen des ungemachten Erlösers erhalten geblieben.

Es gibt eine Grabkapelle mit einem Sarg, in dem möglicherweise die Reliquien eines der Baumeister des Klosters, vermutlich Kassian Muëzerski, liegen. Nach anderen Angaben starb der heilige Kassian im Spaso-Transfiguration-Ken-Kloster, und seine Reliquien wurden in das Antoniewo-Sijsky-Kloster übertragen.

Durch einen Beschluss des Ministerrats der RSFSR wurden die Nikolauskirche und die Kapellen als Denkmäler der Architektur und als Objekte des kulturellen Erbes Russlands anerkannt. Am 12. Dezember 2014 fand im Ministerium für Kultur der Republik Karelien ein Treffen des Bischofs von Kostomuksha und Kem, Ignatij, mit der Kulturministerin E. V. Bogdanova statt, bei dem Fragen zur Wiederbelebung des Trinitäts-Muëzerski-Männerklosters erörtert wurden.