Après son déménagement à Saint-Pétersbourg, les tentatives d'assassinat contre le Premier ministre Stolypine se poursuivirent, et la plus dévastatrice fut l'explosion de la datcha où il vivait et travaillait avec sa famille. La datcha sur l'île Aptekarsky fut détruite par une explosion le 25 août 1906 par un esérien maximaliste, qui fut démasqué et abandonna sa mallette contenant la bombe trop tôt. En conséquence, 30 personnes perdirent la vie, et environ soixante-dix furent blessées. Parmi les victimes se trouvaient le jeune Arkadi Stolypine, âgé de trois ans, et Natalia Stolypina, âgée de douze ans, qui resta handicapée à vie. La mémoire de cette tragédie fut immortalisée par un obélisque, posé par Pierre Arkadievitch Stolypine le 12 août 1907 ; le monument a été restauré à notre époque.

Après l'horrible attentat sur l'île Aptekarsky, les maximalistes continuèrent leurs tentatives d'assassinat contre le Premier ministre, et en décembre 1906, ils préparèrent une nouvelle attaque. Cette fois, la garde impériale réussit à intercepter les criminels avant l'attaque. Cependant, les conspirateurs ne s'arrêtèrent pas et continuèrent leurs tentatives. Avec le temps, des personnes influentes apparurent parmi les ennemis de Stolypine. Bien qu'il restât populaire dans le pays et aux yeux de Nicolas II, sa position devenait de plus en plus précaire.

En 1911, de grandes festivités se déroulaient à Kiev, auxquelles assistèrent Nicolas II avec son entourage, ainsi que Pierre Arkadievitch Stolypine. Aujourd'hui, il est impossible de répondre avec certitude à toutes les questions concernant l'attentat fatal, mais la version officielle semble étrange. Néanmoins, cela n'a plus beaucoup d'importance : les coups de feu au théâtre mirent fin à la vie du grand réformateur, qui fut mortellement blessé et décéda le 18 septembre 1911. Nicolas II fut bouleversé et se blâma pour ce qui s'était passé. Avec la mort de Stolypine, l'empereur perdit un fidèle compagnon et un soutien solide. Ainsi, après avoir survécu à 10 tentatives d'assassinat connues, Stolypine tomba à la suite de la 11ème.