Después de mudarse a San Petersburgo, los atentados contra el primer ministro Stolypin continuaron, y el más devastador fue la explosión en la dacha donde vivía y trabajaba con su familia. La dacha en la Isla Aptekarsky fue volada el 25 de agosto de 1906 por un eser maximalista, quien fue descubierto y dejó su maletín con la bomba antes de tiempo. Como resultado, 30 personas murieron y alrededor de setenta resultaron heridas. Entre los afectados estaban el pequeño Arkadi Stolypin de tres años y Natalia Stolypina de doce años, quien quedó discapacitada de por vida. La memoria de la tragedia fue perpetuada en un obelisco, inaugurado por Petr Arkadievich Stolypin el 12 de agosto de 1907; el monumento ha sido restaurado en nuestros días.

Después del horrible atentado en la Isla Aptekarsky, los maximalistas continuaron sus intentos de asesinar al primer ministro, y en diciembre de 1906 prepararon un nuevo atentado. Esta vez, la guardia imperial actuó con éxito, y los criminales fueron detenidos antes del ataque. Sin embargo, los conspiradores no se detuvieron y continuaron con los atentados. Con el tiempo, entre los enemigos de Stolypin aparecieron personas influyentes. Aunque seguía siendo popular en el país y ante los ojos de Nicolás II, su posición se volvía cada vez más inestable.

En 1911, en Kiev se llevaban a cabo grandes festividades, a las que asistió Nicolás II con su séquito, así como Petr Arkadievich Stolypin. Hoy es imposible responder con precisión a todas las preguntas sobre el fatídico atentado, pero la versión oficial parece extraña. Sin embargo, esto ya no tiene mucha importancia: los disparos en el teatro interrumpieron la vida del gran reformador, quien fue mortalmente herido y falleció el 18 de septiembre de 1911. Nicolás II quedó conmocionado y se culpó a sí mismo por lo sucedido. Con la muerte de Stolypin, el emperador perdió a un fiel compañero y un apoyo sólido. Así, tras sobrevivir a 10 atentados conocidos, Stolypin cayó como resultado del 11º.