Le temple de l'Exaltation de la Sainte Croix a été construit près des portes de Piatnitsky, sur l'un des sites les plus anciens du Kremlin de Kolomna. Au XVe siècle, il y avait ici un temple en bois avec une chapelle en l'honneur des martyrs Flor et Lavr.

En 1764, à la place du temple en bois, une église en pierre à deux niveaux avec un clocher a été érigée. L'initiateur de la construction était l'évêque de Kolomna, Gavriil Kremenetsky. Dans l'église supérieure, un autel a été installé en l'honneur de saint Nicolas, qui a été transféré de l'église de Nicolas de Zaraysk, fermée en 1513. Avec lui, une image, une copie de l'icône de Zaraysk, créée la même année, a également été transférée ici.

À la fin du XVIIIe siècle, l'église de la Croix-Glorieuse a été rénovée grâce aux fonds du marchand kolomnéen I.T. Meshchaninov. De 1790 à 1825, l'icône vénérée de la Mère de Dieu de Don, provenant des portes de Piatnitsky du XVIe siècle, y a été temporairement conservée. En 1832 et 1837, l'église a été radicalement reconstruite grâce aux fonds des sœurs Sharapov.

Le temple n'avait pas de paroisse propre et était rattaché à la cathédrale de l'Assomption, où les services étaient célébrés par les clercs de la cathédrale. Dans les années 1920, une paroisse s'est formée ici, où des moines expulsés du monastère de la Sainte-Trinité de Novo-Golutvin ont officié. L'église de la Croix-Glorieuse a été la dernière à être fermée dans le Kremlin. Dans les années 1930, les moines ont été arrêtés, et leur sort est resté inconnu.

Le bâtiment a été occupé par une coopérative d'invalides, et presque tous les objets d'église ont été perdus. Les coupoles et le niveau des cloches ont été détruits. Dans les années 1980, le local a été utilisé comme atelier et entrepôt du musée local de Kolomna.

En 1994, le temple a été restitué à la communauté orthodoxe. Un nouvel iconostase à deux niveaux a été créé, et des icônes anciennes ont été transférées à l'église. De nombreux artistes professionnels sont soutenus par la communauté, et l'activité de pèlerinage se développe activement.