El templo de la Exaltación de la Cruz del Señor fue construido en la puerta de Pyatnitsky, en uno de los lugares más antiguos del Kremlin de Kolomna. En el siglo XV, aquí había un templo de madera con una capilla en honor a los mártires Flora y Lavra.

En 1764, en el lugar del templo de madera, se erigió una iglesia de piedra de dos niveles con campanario. El iniciador de la construcción fue el obispo de Kolomna, Gavriil Kremenetsky. En la iglesia superior se instaló el altar de San Nicolás, que fue trasladado de la iglesia de Nicolás de Zarechny, cerrada en 1513. Junto con él, se trasladó aquí una imagen, copia del ícono de Zarechny, creada en el mismo año.

A finales del siglo XVIII, la iglesia de la Exaltación de la Cruz fue renovada con fondos del comerciante kolomensky I.T. Meshchaninov. Desde 1790 hasta 1825, aquí se encontraba temporalmente el venerado ícono de la Madre de Dios de Don de la puerta de Pyatnitsky del siglo XVI. En 1832 y 1837, la iglesia fue radicalmente reconstruida con fondos de las hermanas Sharapov.

El templo no tenía su propia parroquia y estaba adscrito a la Catedral de la Asunción, donde los clérigos de la catedral realizaban los servicios. En la década de 1920, se formó su propia parroquia, en la que servían monjes expulsados del monasterio de la Trinidad de Novo-Golutvin. La iglesia de la Exaltación de la Cruz fue la última cerrada en el Kremlin. En la década de 1930, los monjes fueron arrestados y sus destinos permanecieron desconocidos.

En el edificio se estableció una cooperativa de inválidos, y casi todos los objetos de la iglesia se perdieron. Las cúpulas y el nivel de campanas fueron destruidos. En la década de 1980, el local se utilizó como taller y almacén del museo local de Kolomna.

En 1994, el templo fue devuelto a la comunidad ortodoxa. Se creó un nuevo iconostasio de dos niveles y se entregaron íconos antiguos a la iglesia. En la comunidad se atienden a muchos artistas profesionales y se desarrolla activamente la actividad de peregrinación.