Dans la Pustynie, fondée en 1597, tous les bâtiments des XVIe et XVIIe siècles étaient en bois. Au début du XVIIIe siècle, la construction en pierre a commencé, mais peu d'informations sur ces bâtiments ont été conservées. On sait qu'en 1703, grâce aux fonds de Bogolep Soukhochev, la cathédrale en pierre de la Nativité de la Vierge a été érigée, remplaçant deux églises en bois, dont l'une a brûlé en 1611 lors de l'invasion polono-lituanienne, et l'autre a été démolie en raison de sa vétusté. En 1708, des portes en pierre et un temple au-dessus des portes de la Transfiguration du Seigneur ont été construits.

Selon l'inventaire du monastère de Znamensky de 1733, une horloge en fer et sept cloches, dont une pesant 1 poud, étaient installées dans le clocher de la Pustynie. En 1765, de grandes horloges ont été transférées au monastère depuis la Pustynie de Karpovska, qui avait été dissoute. Avec le temps, le monastère est devenu connu au-delà de la région de Koursk, attirant des pèlerins et des dons. Cela a permis de construire de nouveaux bâtiments et de rénover les églises existantes. Entre 1852 et 1860, à l'emplacement de l'ancienne cathédrale, un grand temple en briques à six colonnes dans le style russo-byzantin a été érigé selon le projet de l'architecte Konstantin Andreyevich Ton. La cathédrale de la Nativité de la Vierge est devenue la dominante architecturale du monastère et a suscité l'admiration des pèlerins. Une nouvelle cloche a également été construite peu après.

Le clocher au-dessus des portes sacrées a été construit pendant le mandat de l'archimandrite Séraphim (1852-1862) et a été achevé en 1860. Au troisième étage, une horloge avec carillon a été installée, et un toit avec une coupole dorée et une croix le couronnait. Le clocher, conçu dans le même style que la cathédrale, est devenu un ornement du monastère, comme l'indiquait un guide pré-révolutionnaire.

Après la Révolution d'Octobre, le monastère a perdu toutes ses valeurs. En 1924, il a été fermé, et entre 1924 et 1926, la cathédrale principale a été détruite, les cloches ont été enlevées et emportées, presque tous les bâtiments de l'église ont été détruits, y compris les célèbres "escaliers". Le clocher a également été partiellement détruit, laissant les étages inférieurs, où une plateforme d'observation a été aménagée. À la fin des années 1920, le territoire a été occupé par une unité militaire, et dans les années 1930, un sanatorium "Liberté" pour les malades de la tuberculose a été installé ici, devenant plus tard un sanatorium pour enfants atteints de tuberculose osseuse.

Depuis 1989, la renaissance de la Pustynie a commencé. En 1990, les portes d'entrée ont été restaurées, et en 1991, le clocher a été reconstruit conformément au projet original. En 2009, les portes d'entrée et l'arc ont été décorés de fresques sur des thèmes religieux.