Avant la fondation du monastère, une désert orthodoxe de Nyatina existait sur l'île. Le monastère a été fondé en 1520 par le saint carélien Iona, fils du posadnik novgorodien Ivan Klimentiev. Sous Iona, les églises en bois de Nicolas et de la Trinité ont été construites, mais il n'est pas devenu abbé, restant un simple moine. Iona est décédé en 1534 et a été enterré près des murs de l'église de saint Nicolas.

En 1613 et 1614, le monastère a souffert des raids suédois. Jusqu'en 1664, les abbés étaient des igumens, puis des bâtisseurs. En 1709, l'église de Nicolas a brûlé, et en 1712, l'église de la Trinité a été reconstruite. En 1714, l'église de la Rencontre a été érigée, qui a été reconstruite et consacrée en 1843 au nom de saint Nicolas, évêque et thaumaturge. Avec les fonds de l'impératrice Élisabeth, une église en pierre a été construite au nom des saints justes Zacharie et Élisabeth, qui a été à nouveau consacrée après des réparations en 1840. Cette église contenait la tombe d'Iona Klimenetsky.

Depuis 1764, le monastère est devenu hors statut, et en 1769, il a été supprimé. Depuis mars 1772, les églises du monastère sont passées sous la juridiction de la paroisse de Sennogubsky. En 1833, le monastère a été restauré par le premier évêque d'Olonets et de Petrozavodsk, Ignace, qui l'a placé sous l'autorité du responsable de la maison archiépiscopale d'Olonets, Iona. Ignace a fait don d'une partie de ses biens au monastère et a écrit un essai sur son histoire.

En 1853, sous la direction de l'architecte provincial d'Olonets, V. V. Tukhtarov, des travaux de restauration des bâtiments du monastère ont été réalisés. Le 23 avril 1860, le monastère a obtenu son autonomie. En 1876, une station de sauvetage a été ouverte près du monastère, dirigée par l'abbé. En 1884, le grand-duc Vladimir Alexandrovich a visité le monastère. Il est devenu un lieu de pèlerinage pour les fidèles de Petrozavodsk.

En 1901, à l'initiative du doyen, l'archimandrite Varvara, une école de lecture a été ouverte, qui a été transformée en école paroissiale en 1902. En 1903, son protecteur est devenu le grand-duc Constantin Constantinovich. Le 5 avril 1902, le monastère a été touché par un incendie. En 1905, une église en bois au nom du bienheureux Iona Klimenetsky a été consacrée. En 1906, le monastère est devenu féminin. Pendant la Première Guerre mondiale, les religieuses ont collaboré avec l'Union russe d'aide aux soldats malades et blessés.

L'inventaire d'assurance de 1913 comprenait 27 bâtiments sur le territoire du monastère, l'église de Zacharie et Élisabeth, le clocher, l'église de Iona Klimenetsky, une chapelle quadrangulaire, une tour, des cellules dans le coin sud-est de l'enceinte, un nouveau bâtiment frère à deux étages sur fondation en pierre, un petit bâtiment frère à deux étages, une salle à manger en bois, une maisonnette, une cellule, une cave, un puits et un réfrigérateur.

En 1920, les bâtiments du monastère ont été transférés à un sovkhoze local, puis utilisés pour des ateliers d'une maison pour invalides et d'un camp de pionniers. En 2015, une paroisse de l'église des justes Zacharie et Élisabeth du monastère de Klimenetsky a été créée. L'abbé est devenu l'igumen Alexandre Marchenko, qui avait été le supérieur du monastère masculin de Blagoveshchensk de Kem de 2000 à 2015. En mai 2016, les premiers moines sont revenus au monastère de Klimenetsky en renaissance et les travaux de construction et de restauration ont commencé. Pour organiser le domaine du monastère, le métropolite de Petrozavodsk et de Carélie, Constantin, a transféré une maison où vivait le métropolite Manuel Pavlov.

Le 3 septembre 2017, le métropolite Constantin a consacré l'église construite sur l'ancienne fondation au nom de saint Nicolas, évêque et thaumaturge.