Bis zur Gründung des Klosters gab es auf der Insel die orthodoxe Njatina-Wüste. Das Kloster wurde 1520 von dem karelischen Heiligen Jona, dem Sohn des Nowgoroder Stadthalters Iwan Klimentjew, gegründet. Unter Jona wurden die hölzernen Nikolai- und Dreifaltigkeitskirchen erbaut, jedoch wurde er nicht Abt, sondern blieb ein einfacher Mönch. Jona starb 1534 und wurde an den Mauern der Kirche des Heiligen Nikolaus beigesetzt.

In den Jahren 1613 und 1614 litt das Kloster unter schwedischen Überfällen. Bis 1664 waren die Abt die Igumen, danach die Baumeister. 1709 brannte die Nikolai-Kirche nieder, und 1712 wurde die Dreifaltigkeitskirche neu erbaut. 1714 wurde die Sretenskaja-Kirche errichtet, die 1843 umgebaut und im Namen des Heiligen und Wundertäters Nikolaus geweiht wurde. Mit Mitteln von Kaiserin Elisabeth wurde eine Steinkirche im Namen der Heiligen Gerechten Zacharias und Elisabeth erbaut, die nach der Renovierung 1840 erneut geweiht wurde. In dieser Kirche befand sich das Grab von Jona Klimenetsky.

Seit 1764 wurde das Kloster als nicht-staatlich betrachtet, und 1769 wurde es aufgelöst. Ab März 1772 gingen die Kirchen des Klosters in die Verwaltung der Sennegubsky-Gemeinde über. 1833 wurde das Kloster vom ersten Bischof von Olonets und Petrosawodsk Ignatij wiederhergestellt, der es dem Verwalter des Olonets Erzbischofshauses Jona unterstellte. Ignatij spendete einen Teil seines Vermögens dem Kloster und verfasste eine Abhandlung über seine Geschichte.

1853 wurden unter der Leitung des olonetsischen Regierungsarchitekten W. W. Tuchtarow Arbeiten zur Wiederherstellung der Klostergebäude durchgeführt. Am 23. April 1860 erhielt das Kloster die Selbstständigkeit. 1876 wurde eine Rettungsstation am Kloster eröffnet, die vom Abt geleitet wurde. 1884 besuchte der Großfürst Wladimir Alexandrowitsch das Kloster. Es wurde zu einem Wallfahrtsort für Pilger aus Petrosawodsk.

1901 wurde auf Initiative des Dekans, Archimandriten Warnawe, eine Schule für Lesen und Schreiben eröffnet, die 1902 in eine kirchliche Gemeinde-Schule umgewandelt wurde. 1903 wurde ihr Schirmherr der Großfürst Konstantin Konstantinowitsch. Am 5. April 1902 litt das Kloster unter einem Brand. 1905 wurde eine Holzkirche im Namen des heiligen Jona Klimenetsky geweiht. 1906 wurde das Kloster zu einem Frauenkloster. Während des Ersten Weltkriegs arbeiteten die Nonnen mit dem Allrussischen Verband zur Hilfe für kranke und verwundete Soldaten zusammen.

Das Versicherungsverzeichnis von 1913 umfasste 27 Gebäude auf dem Klostergelände, die Kirche von Zacharias und Elisabeth, den Glockenturm, die Kirche von Jona Klimenetsky, eine quadratische Kapelle, einen Turm, Zellen in der südöstlichen Ecke der Umzäunung, ein neues zweigeschossiges Bruderschaftsgebäude auf einem Steinfundament, ein zweigeschossiges kleines Bruderschaftsgebäude, eine hölzerne Essenshalle, ein Häuschen, eine Zelle, einen Keller, eine Grube und einen Eiskeller.

1920 wurden die Gebäude des Klosters an den örtlichen Staatsbetrieb übergeben und anschließend für Werkstätten des Hauses für Invaliden und ein Pionierlager genutzt. 2015 wurde die Gemeinde der Kirche der Gerechten Zacharias und Elisabeth des Klimenetsky-Klosters gegründet. Abt wurde der Igumen Alexander Marchenko, der von 2000 bis 2015 der Abt des Kemski Blagoweschtschenski Männerklosters war. Im Mai 2016 kehrten die ersten Mönche in das wiederbelebte Klimenetsky-Kloster zurück, und es begannen Bau- und Restaurierungsarbeiten. Für die Organisation des Klosterhofes wurde vom Metropoliten von Petrosawodsk und Karelien Konstantin ein Haus übergeben, in dem Metropolit Manuil Pawlow lebte.

Am 3. September 2017 weihte Metropolit Konstantin die auf dem alten Fundament erbaute Kirche im Namen des Heiligen Nikolaus des Wundertäters.