Antes de la fundación del monasterio, existía en la isla el desierto ortodoxo de Nyatina. El monasterio fue fundado en 1520 por el santo carelio Iona, hijo del posadnik novgorodense Iván Klimentiev. Durante el tiempo de Iona se construyeron las iglesias de madera de Nicolás y de la Trinidad, sin embargo, él no se convirtió en el abad, sino que permaneció como un simple monje. Iona falleció en 1534 y fue enterrado junto a las paredes de la iglesia del santo Nicolás.

En 1613 y 1614, el monasterio sufrió ataques de los suecos. Hasta 1664, los abades eran igumenes, y luego, constructores. En 1709, la iglesia de Nicolás se incendió, y en 1712 se reconstruyó la iglesia de la Trinidad. En 1714 se erigió la iglesia de Sreten, que fue reconstruida y consagrada en 1843 en nombre del Santo y Milagroso Nicolás. Con fondos de la emperatriz Isabel, se construyó una iglesia de piedra en nombre de los Santos Justos Zacarías y Elisabet, que fue nuevamente consagrada tras una reparación en 1840. En esta iglesia se encontraba la tumba de Iona Klimec.

Desde 1764, el monasterio se convirtió en un monasterio de segunda categoría, y en 1769 fue abolido. Desde marzo de 1772, las iglesias del monasterio pasaron a estar bajo la administración de la parroquia de Sennogubsk. En 1833, el monasterio fue restaurado por el primer obispo de Olonets y Petrozavodsk, Ignatios, quien lo entregó bajo la supervisión del administrador de la casa episcopal de Olonets, Iona. Ignatios donó parte de sus bienes al monasterio y escribió un ensayo sobre su historia.

En 1853, bajo el proyecto y la dirección del arquitecto provincial de Olonets, V. V. Tujatarov, se llevaron a cabo trabajos de restauración de los edificios del monasterio. El 23 de abril de 1860, el monasterio obtuvo autonomía. En 1876, se abrió una estación de salvamento en el monasterio, dirigida por el abad. En 1884, el gran duque Vladimir Alexandrovich visitó el monasterio. Se convirtió en un lugar de peregrinación para los devotos de Petrozavodsk.

En 1901, por iniciativa del archimandrita Varvara, se abrió una escuela de alfabetización, que en 1902 se transformó en una escuela parroquial. En 1903, su patrocinador fue el gran duque Konstantin Konstantinovich. El 5 de abril de 1902, el monasterio sufrió un incendio. En 1905, se consagró una iglesia de madera en nombre del venerable Iona Klimec. En 1906, el monasterio se convirtió en un monasterio femenino. Durante la Primera Guerra Mundial, las monjas colaboraron con la Unión Rusa de Ayuda a los Soldados Enfermos y Heridos.

El inventario de 1913 incluía 27 edificios en el territorio del monasterio, la iglesia de Zacarías y Elisabet, el campanario, la iglesia de Iona Klimec, una capilla cuadrada, una torre, celdas en la esquina sureste del recinto, un nuevo edificio de hermanos de dos pisos con cimientos de piedra, un pequeño edificio de hermanos de dos pisos, un comedor de madera, una casita, una celda, un sótano, un pozo y un glaciar.

En 1920, los edificios del monasterio fueron transferidos a una granja estatal local y luego utilizados para talleres de una casa de inválidos y un campamento de pioneros. En 2015, se creó la parroquia de la iglesia de los justos Zacarías y Elisabet del monasterio Klimec. El abad fue el igumen Alexander Marchenko, quien fue el superior del monasterio masculino de la Anunciación de Kem desde 2000 hasta 2015. En mayo de 2016, los primeros monjes regresaron al renaciente monasterio Klimec y comenzaron los trabajos de construcción y restauración. Para organizar la casa del monasterio, el metropolitano de Petrozavodsk y Karelia, Konstantin, entregó una casa en la que vivió el metropolitano Manuel Pavlov.

El 3 de septiembre de 2017, el metropolitano Konstantin consagró la iglesia construida sobre los antiguos cimientos en nombre del santo Nicolás el Milagroso.