Monastère, fondé en 1856 comme communauté féminine, a obtenu un statut officiel en 1868. Avant la formation de la République socialiste soviétique autonome tatare en 1920, ce territoire appartenait à la province de Viatka et à l'évêché de Viatka. Avant la révolution, le monastère d'Elabuga était le plus grand monastère féminin de l'évêché : en 1893, il comptait 250 sœurs, et en 1900, 273, y compris des postulantes. Une école ainsi que des ateliers de broderie et de peinture fonctionnaient au monastère.

Le principal bienfaiteur, grâce à qui le monastère a été créé, était I. I. Stakheev. En 1856 et 1868, il a fait don de plus d'un million de roubles pour l'aménagement du monastère, ce qui était rare à l'époque. Avec ces fonds, tous les bâtiments de la communauté ont été construits, y compris quatre églises, un clocher et six grands bâtiments résidentiels et économiques, entourés d'une clôture en brique à la périphérie est d'Elabuga. L'église principale était dédiée à l'icône de Kazan de la Mère de Dieu et représentait une haute structure à cinq coupoles dans le style néo-russe. Après la révolution, la cathédrale a été détruite, mais sa restauration a commencé en 2007, et le 31 octobre 2012, l'église a été consacrée par le métropolite de Kazan et du Tatarstan, Anastase.

En 1918, le monastère a subi les premières répressions. Formelement, il a été fermé, mais en réalité, il a continué à fonctionner jusqu'en 1928 comme « société religieuse chrétienne orthodoxe », où 243 personnes, dont 173 moniales et postulantes, restaient sous la direction de l'abbesse Angelina. En 1928, le monastère a été définitivement fermé.

La renaissance du monastère a commencé en 1995. Avant l'ouverture du monastère Zilant à Kazan en 1998, il était le seul monastère féminin de l'évêché de Kazan. Au début des années 2000, environ 20 sœurs vivaient dans la communauté sous la direction de l'abbesse Vera Chevtchenko. Sur le territoire du monastère, deux églises sont en activité : une petite église dédiée à la grande martyre Barbara, construite en 1887, et une grande église en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, érigée à l'emplacement de la détruite. Il y a aussi une dépendance à la campagne dans le village d'Anzirka avec une église en activité de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, construite en 1858. Les travaux de restauration au monastère se poursuivent, mais avancent lentement en raison du manque de fonds. La principale bienfaitrice est devenue la directrice générale de la banque « Zarechye » de Kazan, Natalia Vladimirovna Devyatykh, grâce à qui la cathédrale principale a été reconstruite et le bâtiment des sœurs a été restauré.

En mai 2019, un musée « Maison de Vera » a ouvert dans le monastère, racontant la vie de la communauté depuis sa fondation. La création du musée a été précédée par la participation du monastère à un concours de subventions présidentielles, où il a remporté le prix dans la catégorie « Préservation de la mémoire historique ». Avec les fonds reçus, en plus de la création du musée, des événements ont été organisés pour célébrer le 150e anniversaire de l'ouverture du monastère, qui ont eu lieu en septembre 2018.