El monasterio, fundado en 1856 como una comunidad femenina, obtuvo estatus oficial en 1868. Hasta la formación de la República Socialista Soviética Autónoma de Tatarstán en 1920, este territorio pertenecía a la provincia de Viatka y a la diócesis de Viatka. Antes de la revolución, el monasterio de Elabuga se convirtió en el mayor monasterio femenino de la diócesis: en 1893 contaba con 250 hermanas, y para 1900, 273, incluidas las postulantes. En el monasterio funcionaba una escuela, así como talleres de bordado y pintura.

El principal benefactor, gracias al cual se fundó el monasterio, fue I. I. Stakheev. En 1856 y 1868 donó más de un millón de rublos para la construcción del monasterio, lo que era una rareza para la época. Con estos fondos se construyeron todos los edificios del monasterio, incluidos cuatro templos, un campanario y seis grandes edificios residenciales y de servicio, rodeados por un muro de ladrillo en la periferia oriental de Elabuga. El templo principal estaba dedicado a la Icono de Kazán de la Madre de Dios y era una alta estructura de cinco cúpulas en estilo neorruso. Después de la revolución, la catedral fue destruida, pero su restauración comenzó en 2007, y el 31 de octubre de 2012, el templo fue consagrado por el metropolitano de Kazán y Tatarstán, Anastasio.

En 1918, el monasterio sufrió las primeras represiones. Formalmente fue cerrado, pero de hecho continuó funcionando hasta 1928 como una "sociedad religiosa ortodoxo-cristiana", en la que quedaban 243 personas, incluidas 173 monjas y postulantes, bajo la dirección de la abadesa Angelina. En 1928, el monasterio fue cerrado definitivamente.

El renacimiento del monasterio comenzó en 1995. Hasta la apertura del monasterio Zilant en Kazán en 1998, fue el único monasterio femenino de la diócesis de Kazán. A principios de la década de 2000, alrededor de 20 hermanas vivían en el monasterio bajo la dirección de la abadesa Vera Shevchenko. En el territorio del monasterio hay dos templos: un pequeño templo en honor a la gran mártir Bárbara, construido en 1887, y un gran templo en honor a la Icono de Kazán de la Madre de Dios, erigido en el lugar del destruido. También hay una casa de campo en el pueblo de Anzirka con un templo en funcionamiento de la Icono de Kazán de la Madre de Dios, construido en 1858. Los trabajos de restauración en el monasterio continúan, pero avanzan lentamente debido a la falta de fondos. La principal benefactora ha sido la directora general del banco "Zarechye" de Kazán, Natalia Vladimirovna Devyatykh, gracias a quien se reconstruyó el templo principal y se restauró el edificio de las hermanas.

En mayo de 2019, se inauguró en el monasterio el museo "Casa de Vera", que cuenta la historia de la comunidad desde su fundación. La creación del museo fue precedida por la participación del monasterio en un concurso de subvenciones presidenciales, donde ganó en la categoría "Preservación de la memoria histórica". Con los fondos obtenidos, además de la creación del museo, se organizaron eventos para celebrar el 150 aniversario de la apertura del monasterio, que se llevaron a cabo en septiembre de 2018.