Le 8 juillet 1579, la jeune Matrona de neuf ans trouva une icône à l'endroit qui lui avait été indiqué dans un rêve. Le prêtre Ermolai, qui devint plus tard le patriarche Germogen et reconnu par l'Église comme martyr, a été le premier à consigner le récit de cet événement et des premiers miracles liés à l'icône. La découverte de l'icône, seulement 27 ans après la prise de Kazan par les troupes russes, est devenue un événement symbolique pour ses contemporains. La même année, sur ordre d'Ivan IV le Terrible, un monastère féminin de la Vierge a été fondé à l'endroit de la découverte. Selon la tradition, la première moniale fut la même Matrona, qui reçut le nom de Mavra après son entrée dans les ordres.

En 1612, l'armée de Minine et Pojarski emporta l'icône de Kazan en marche vers Moscou avec la bénédiction du métropolite de Kazan, Ephraïm. Après le retour, l'icône fut à nouveau placée dans le monastère de la Vierge de Kazan, qui devint un sanctuaire connu du Moyen Volga grâce à l'afflux de pèlerins.

Suite à la réforme de Catherine II, le monastère fut classé au deuxième niveau, puis au premier en 1809. Le nombre de moniales et de postulantes augmenta de plus de 100 au début du XIXe siècle à 500 au moment de la révolution. Après la fermeture du Kremlin de Kazan en 1918, les principales reliques survivantes de l'Éparchie de Kazan furent transférées au monastère. Bien que le monastère ait été dissous, une communauté orthodoxe y a fonctionné dans les années 1920. En 1931, elle fut transférée à la cathédrale Saint-Pierre et Saint-Paul, après quoi la majeure partie du monastère fut détruite.

Depuis 1942, une usine de tabac était située sur le territoire de l'ancien monastère, et la partie ouest fut construite avec des maisons. La faculté de philologie de l'Institut pédagogique de Kazan était située dans l'église de la Croix. En 1994, l'église de la Sainte-Sophie fut restituée aux croyants, et en 2004 et 2005, l'église de la Croix. Le 21 juillet 2005, le patriarche Alexis II remit à l'Éparchie de Kazan la liste vaticane de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, qui fut placée dans l'église et devint un lieu de pèlerinage.

Depuis 2005, le monastère renaît en tant que masculin, bien qu'il ait été précédemment féminin. La communauté compte plusieurs membres. L'usine de tabac a été retirée du territoire du monastère, et lors des fouilles, des restes de moniales ont été découverts et réinhumés dans le nécropole du monastère le 12 octobre 2019.

Le 4 novembre 2015, le président du Tatarstan, Rustam Minnikhanov, a signé un décret sur la création de l'Académie islamique de Bulgarie et la reconstruction de la cathédrale de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu. Le décret prévoyait des événements pour la pose de pierres commémoratives en mai et juillet 2016, ainsi que l'établissement de plaques commémoratives en l'honneur des personnes ayant contribué à ces projets. Les participants au II Forum de la communauté orthodoxe du Tatarstan ont soutenu le décret et ont appelé tous à contribuer à la renaissance du sanctuaire.

Le 27 avril 2016, des fouilles archéologiques ont commencé sur le site de l'ancienne cathédrale. Le 21 juillet 2016, le patriarche Cyrille a béni le site de la future cathédrale de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu.