El 8 de julio de 1579, la niña de nueve años Matrona encontró un ícono en el lugar que le fue indicado en un sueño. El sacerdote Ermolai, que más tarde se convirtió en el patriarca Germogen y fue reconocido por la Iglesia como mártir, fue el primero en registrar la historia de este evento y los primeros milagros del ícono. El hallazgo del ícono, solo 27 años después de la captura de Kazán por las tropas rusas, se convirtió en un evento simbólico para sus contemporáneos. Ese mismo año, por orden de Iván IV el Terrible, se fundó en el lugar del hallazgo un monasterio femenino de la Madre de Dios. Según la tradición, la primera monja fue la misma Matrona, quien recibió el nombre de Mavra tras su tonsura.

En 1612, la milicia de Minin y Pozharsky llevó el ícono de Kazán en su campaña a Moscú con la bendición del metropolitano de Kazán, Efrem. Tras su regreso, el ícono fue nuevamente colocado en el monasterio de la Madre de Dios de Kazán, que se convirtió en un conocido santuario del Medio Volga gracias al aflujo de peregrinos.

Con la reforma de Catalina II, el monasterio fue clasificado en la segunda categoría, y en 1809, en la primera. El número de monjas y postulantes aumentó de más de 100 a principios del siglo XIX a 500 en el momento de la revolución. Después del cierre del Kremlin de Kazán en 1918, las principales reliquias sobrevivientes de la diócesis de Kazán fueron trasladadas al monasterio. Aunque el monasterio fue disuelto, en la década de 1920 funcionó aquí una comunidad ortodoxa. En 1931, fue trasladada a la catedral de San Pedro y San Pablo, después de lo cual gran parte del monasterio fue destruido.

Desde 1942, en el territorio del antiguo monasterio funcionó una fábrica de tabaco, y la parte occidental fue construida con casas. En la iglesia de la Exaltación de la Cruz se ubicaba la facultad de filología del Instituto Pedagógico de Kazán. En 1994, se devolvió a los creyentes la iglesia de Sofía, y en 2004 y 2005, la iglesia de la Exaltación de la Cruz. El 21 de julio de 2005, el patriarca Alexis II entregó a la diócesis de Kazán la lista vaticana del ícono de la Madre de Dios de Kazán, que fue colocada en la iglesia y se convirtió en un lugar de peregrinación.

Desde 2005, el monasterio está renaciendo como masculino, aunque anteriormente era femenino. La comunidad monástica cuenta con varias personas. La fábrica de tabaco fue retirada del territorio del monasterio, y durante las excavaciones se encontraron los restos de monjas, que fueron reenterradas en el necrópolis del monasterio el 12 de octubre de 2019.

El 4 de noviembre de 2015, el presidente de Tatarstán, Rustam Minnijánov, firmó un decreto sobre la creación de la Academia Islámica de Bulgaria y la recreación de la Catedral del ícono de la Madre de Dios de Kazán. El decreto preveía actividades para la colocación de piedras conmemorativas en mayo y julio de 2016, así como la instalación de placas conmemorativas en honor a las personas que contribuyeron a estos proyectos. Los participantes del II Foro de la comunidad ortodoxa de Tatarstán apoyaron el decreto y pidieron a todos que colaboraran en la restauración del santuario.

El 27 de abril de 2016, comenzaron las excavaciones arqueológicas en el lugar de la antigua catedral. El 21 de julio de 2016, el patriarca Cirilo bendijo el lugar de la colocación de la catedral restaurada del ícono de la Madre de Dios de Kazán.