Am 8. Juli 1579 fand die neunjährige Matrona ein Ikone an dem Ort, der ihr im Traum gezeigt wurde. Der Priester Jermolai, der später Patriarch Hermogen wurde und von der Kirche als heiligmütiger Märtyrer anerkannt ist, dokumentierte erstmals die Erzählung über dieses Ereignis und die ersten Wunder der Ikone. Der Fund der Ikone, nur 27 Jahre nach der Eroberung Kazans durch die russischen Truppen, wurde für die Zeitgenossen zu einem symbolischen Ereignis. Im selben Jahr wurde auf Befehl von Iwan IV. dem Schrecklichen an dem Fundort das Mädchenkloster Bogoroditsky gegründet. Der Legende nach wurde Matrona selbst die erste Nonne, die nach ihrer Profess den Namen Mavra erhielt.

Im Jahr 1612 nahm die Miliz von Minin und Posharsky die Kazan-Ikone mit auf den Marsch nach Moskau mit dem Segen des Kazaner Metropoliten Ephraim. Nach der Rückkehr wurde die Ikone erneut im Bogoroditsky-Kloster in Kasan untergebracht, das dank des Zustroms von Pilgern zu einer bekannten Heiligkeit im mittleren Wolga-Gebiet wurde.

Durch die Reform von Katharina II. wurde das Kloster in die zweite Klasse eingestuft, und 1809 in die erste. Die Zahl der Nonnen und Novizinnen stieg von mehr als 100 zu Beginn des 19. Jahrhunderts auf 500 zur Zeit der Revolution. Nach der Schließung des Kasaner Kremls im Jahr 1918 wurden die wichtigsten überlebenden Reliquien der Kazaner Diözese in das Kloster verlegt. Obwohl das Kloster aufgelöst wurde, gab es in den 1920er Jahren hier eine orthodoxe Gemeinde. Im Jahr 1931 wurde sie in die Peter-Pauls-Kathedrale verlegt, wonach der größte Teil des Klosters zerstört wurde.

Seit 1942 befand sich auf dem Gelände des ehemaligen Klosters eine Tabakfabrik, und der westliche Teil wurde mit Wohnhäusern bebaut. Im Kreuzerhöhungstempel war die philologische Fakultät des Kasaner Pädagogischen Instituts untergebracht. Im Jahr 1994 wurde den Gläubigen die Sophienkirche zurückgegeben, und in den Jahren 2004 und 2005 die Kreuzerhöhungskirche. Am 21. Juli 2005 übergab Patriarch Alexius II. der Kazaner Diözese die Vatikanische Liste der Kazan-Ikone der Gottesmutter, die in der Kirche untergebracht wurde und zu einem Pilgerort wurde.

Seit 2005 wird das Kloster als Männerkloster wiederbelebt, obwohl es zuvor ein Frauenkloster war. Die Bruderschaft umfasst mehrere Personen. Die Tabakfabrik wurde vom Klostergelände entfernt, und während der Ausgrabungen wurden die Überreste von Nonnen gefunden, die am 12. Oktober 2019 auf dem Klosterfriedhof umgebettet wurden.

Am 4. November 2015 unterzeichnete der Präsident von Tatarstan, Rustam Minnikhanov, einen Erlass zur Gründung der Bulgarischen Islamischen Akademie und zur Wiederherstellung der Kathedrale der Kazan-Ikone der Gottesmutter. Der Erlass sah Maßnahmen zur Einweihung von Gedenksteinen im Mai und Juli 2016 sowie die Errichtung von Gedenktafeln zu Ehren der Personen vor, die zu diesen Projekten beigetragen haben. Die Teilnehmer des II. Forums der orthodoxen Öffentlichkeit Tatarstans unterstützten den Erlass und riefen alle dazu auf, zur Wiederbelebung der Heiligkeit beizutragen.

Am 27. April 2016 begannen die archäologischen Ausgrabungen an dem Ort der ehemaligen Kathedrale. Am 21. Juli 2016 weihte Patriarch Kirill den Ort der Grundsteinlegung der wiederhergestellten Kathedrale der Kazan-Ikone der Gottesmutter.