L'église à trois autels du Saint-Esprit à Kherson a été fondée en 1804. La partie avant du temple a été construite en un été grâce à un don de 15 000 roubles. Cependant, la construction a ensuite été arrêtée en raison d'un manque de fonds et n'a été achevée qu'en 1835. En janvier 1836, le chœur nord a été consacré en l'honneur des saints martyrs de Khersonèse et le chœur sud en l'honneur de l'archange Michel. L'autel principal a été consacré le 16 août 1836 par l'archevêque Gabriel Rozanov. Selon ses dires, une aide significative à la construction a été apportée par les marchands khersonais Galukhin, Bogdanov, Sikachev et Nosov, ce que confirme la tradition locale qui appelle l'église "marchande".

L'église est située près du marché municipal, ce qui lui a valu le nom de "marchande", qui a été conservé jusqu'à nos jours. À l'origine, le temple avait la forme d'une croix carrée avec une colonnade et un dôme bas. À 80 mètres à l'ouest, une cloche à cinq niveaux a été construite, consacrée le 6 août 1806, qui servait d'église paroissiale sous le nom de l'église de la Transfiguration. Elle a brûlé le 19 août 1941, le jour de la Transfiguration du Seigneur, et a été démolie dans les années d'après-guerre. Maintenant, à sa place se trouve une chapelle avec une lampe éternelle.

En 1907, une salle de repas a été ajoutée à l'église, allongeant le bâtiment. Dans le sous-sol de la salle de repas, des discussions dominicales et des répétitions de chœur ont eu lieu. Les constructeurs de la salle de repas sont appelés les marchands Irlikov. L'église du Saint-Esprit était considérée comme la plus riche et la plus belle de la ville, avec des iconostases dorées et des objets liturgiques.

En 1922, des valeurs ecclésiastiques ont été retirées de l'église, et de 1926 à 1937, elle a été sous la direction des rénovateurs. Après cela, le temple a été utilisé comme entrepôt de farine jusqu'en 1944. À la fin de 1941, un temple a été aménagé dans le sous-sol de la salle de repas en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur. En 1944, le temple a été restitué aux croyants, qui ont commencé sa restauration. Les chapelles ont été restaurées et consacrées, mais la peinture ancienne n'a pas été conservée.

Jusqu'en 1945, la cathédrale de Kherson était la cathédrale de l'Assomption, puis celle de Catherine. En 1947, l'église du Saint-Esprit est devenue la cathédrale. De 1953 à 1960, le père Boris Georgievich Stark a été le recteur, qui a embelli la cathédrale et installé de nouveaux iconostases. En 1955-1956, des artistes d'Odessa ont peint de nouvelles icônes pour la cathédrale.

Jusqu'en 1995, la cathédrale n'avait pas de clocher, huit petites cloches étaient utilisées. La superficie de la cathédrale est de 1441 m², la hauteur des murs est de 9,7 m, la hauteur du dôme est de 19,7 m.

En 1991, l'éparchie de Kherson a été formée, le premier archevêque étant le métropolite Leontiy Gudimov. Sous l'évêque Illarion Shukalo, le chœur inférieur de la Transfiguration a été agrandi et consacré, un nouveau clocher a été construit. La restauration s'est poursuivie sous les archevêques suivants.

Les principales reliques de la cathédrale incluent la liste miraculeuse de l'icône de la Mère de Dieu de Kasperevskaya, l'Image Non-Faite à la main du Sauveur, les icônes de la Mère de Dieu de Théodorov et de Pochaev, les icônes de saint Nicolas et d'autres saints. Dans l'enceinte de la cathédrale se trouvent les tombes des pères Léonid Bogdanov et Ioann Karlev.