Le temple de la Protection a été construit à Krasnoïarsk au début de la construction en pierre après un grand incendie qui a détruit une partie importante de la ville. Les structures en pierre plus anciennes n'ont pas survécu, c'est pourquoi le temple est considéré comme le plus ancien bâtiment en pierre de la ville. La première église en bois en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge est apparue à Krasnoïarsk au milieu du XVIIe siècle, peu après la fondation de l'ostrog. Elle se trouvait près de l'église actuelle. L'église en bois a brûlé plusieurs fois et a été reconstruite, tandis que la ville continuait de croître. L'incendie de 1773 a été particulièrement dévastateur, détruisant des quartiers entiers avec des maisons résidentielles, des bâtiments en pierre et des temples. Après cela, il a été décidé de construire des bâtiments clés en pierre pour une meilleure protection contre le feu. La construction en pierre à Krasnoïarsk a commencé un peu plus tôt, en 1759, avec la pose de la cathédrale de la Résurrection, qui a été construite pendant plus de dix ans. Le rythme lent s'explique par le fait que l'architecture en pierre en Sibérie orientale était une nouveauté, et il y avait peu de maîtres. La cathédrale a été construite par des maçons d'Eniseysk, mais il manquait toujours de spécialistes. Comprenant qu'il faudrait longtemps attendre le temple en pierre de la Protection, les paroissiens ont demandé à l'archevêque de Tobolsk, Varlaam Petrov, la permission de construire une église temporaire en bois, qui serait ensuite remplacée par une église en pierre. L'archevêque a accepté, et l'église a été construite. Le temple en pierre a été posé seulement en 1785 et a été achevé dix ans plus tard, presque un quart de siècle après l'incendie.

L'église en bois de la Protection a eu un destin inhabituel. En 1790, après la consécration des chapelles du temple en pierre, elle a été déplacée et consacrée en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge. Plus tard, elle a été déplacée à nouveau et consacrée, devenant alors celle de Tous les Saints. L'église aurait pu être déplacée une troisième fois, mais elle a brûlé, servant de modèle pour trois églises en pierre à Krasnoïarsk. Il est connu que c'était une église à toit en tente avec une salle de banquet et un clocher sur un même axe. L'église en pierre de la Protection a été construite à côté de l'église en bois. Les fonds pour la construction ont été collectés de tous, beaucoup ont aidé non seulement financièrement, mais aussi par leur travail. Les travaux étaient dirigés par le noble à la retraite Mikhaïl Iouchkov, qui était considéré comme l'architecte principal du temple, bien que ce soit plutôt une création collective. Iouchkov et le vieux de l'église Daniil Tcherkassov étaient surtout préoccupés par le choix du personnel, car Krasnoïarsk était entièrement en bois, et il n'y avait pas de maçons dans la ville. Des maîtres ont été appelés d'Eniseysk, où la construction en pierre était déjà en cours. La construction avançait lentement, et en 1790, la chapelle latérale de Saint Pierre et Saint Paul a été consacrée, puis celle de Saint Nicolas. À ce moment-là, l'église en bois a été déplacée, et la paroisse a "déménagé" dans le nouveau temple. Il a fallu encore cinq ans pour terminer les travaux, et le maître-autel a été consacré en juin 1795. Au départ, il était prévu de le faire en l'honneur de l'Épiphanie, mais le vote de la paroisse l'a désigné comme étant celui de la Protection. Le temple était célèbre pour son iconostase sculpté, réalisé par Fiodor Ouchakov, qui a été conservé jusqu'au milieu du XIXe siècle. L'apparence du temple de la Protection différait à l'origine de celle actuelle.

Selon le registre paroissial de 1813, c'était une église de plain-pied avec deux chapelles et un clocher, en pierre, avec une longueur et une largeur mesurées en sazhens. En 1826, la clôture en bois a été remplacée par une clôture en pierre avec des grilles en bois, qui sont devenues plus tard en fer. À l'origine, la façade ouest de tout le temple était la façade du clocher avec un porche en pierre couvert. Dans les années 1840, le porche a été démoli, un vestibule a été aménagé, et la salle de banquet a été élargie, entourant le clocher. Les nouvelles annexes ont été décorées en imitant les détails du volume initial, et il est difficile de définir la frontière entre les anciennes et les nouvelles parties des murs. Les anciens murs ont été plâtrés, et des fresques extérieures sont apparues, détruites par l'incendie de 1881. Après l'agrandissement de l'église, toutes ses neuf coupoles ont été dorées. Au XIXe siècle, le temple a été peint, mais un seul fragment représentant la Protection de la Mère de Dieu a été conservé. Les autres peintures ont été recouvertes au milieu du XXe siècle. En 1845, l'ancien iconostase a été vendu, et un nouveau doré a pris sa place. En 1871, le temple a été agrandi, car il n'y avait plus assez de place. Le marchand N. Gadalov a donné plus de 10 000 roubles pour les travaux, qui ont avancé rapidement. Le temple est devenu plus spacieux, et une nouvelle icône de la Protection de la Mère de Dieu a été placée au-dessus de l'entrée.

De nombreux temples de Sibérie ont été fermés plus tard qu'en Russie centrale, où l'attaque contre la religion a commencé en 1918. En 1922, une décision a été prise pour la confiscation des valeurs ecclésiastiques, et les autorités de Krasnoïarsk ont commencé à l'appliquer. En mai, elles ont atteint le temple de la Protection, où plus de 23 pouds d'argent ont été confisqués. Malgré le pillage, le temple est resté en activité pendant plus de dix ans. En 1935, il a été fermé et transféré au comité municipal. Au début de la Grande Guerre patriotique, il n'y avait plus de temple en activité dans l'éparchie de Krasnoïarsk. En 1944, après une lettre des croyants, les autorités ont autorisé l'ouverture du temple de la Protection. Les croyants ont restauré l'église, et elle a ouvert le 8 mai 1945, devenant le principal temple de l'éparchie.

Dans les années 1950, l'intérieur du temple a beaucoup changé. La peinture murale a été recouverte de plâtre, ornée de stuc avec des motifs végétaux. Les éléments en stuc semblent inhabituels, mais beaux, encadrant les icônes et les voûtes. En 1961, la cathédrale de la Protection a été fermée à nouveau. L'église funéraire de la Sainte Trinité est restée en activité, tandis que la cathédrale a été utilisée comme ateliers et salle d'exposition. En 1989, le temple a été restitué aux croyants. Le temple de la Protection appartient à l'école d'Enisey du baroque sibérien. La hauteur du temple avec la croix est de 32 mètres, celle du clocher est de 36 mètres. La longueur le long de l'axe central est de plus de 40 mètres. Le clocher a 10 cloches, et un escalier y mène. Il y a des bâtiments de service près de l'église, dont l'un abrite un petit temple de baptême consacré. Le temple est surmonté de neuf coupoles.