El templo de la Protección fue construido en Krasnoyarsk a principios de la construcción en piedra después de un gran incendio que destruyó una parte significativa de la ciudad. Las estructuras de piedra anteriores no se han conservado, por lo que el templo se considera el edificio de piedra más antiguo de la ciudad. La primera iglesia de madera en honor a la Protección de la Santísima Virgen apareció en Krasnoyarsk a mediados del siglo XVII, poco después de la fundación del fuerte. Estaba situada cerca de la actual iglesia. La iglesia de madera se quemó varias veces y fue reconstruida, mientras la ciudad continuaba creciendo. El incendio de 1773 fue especialmente devastador, destruyendo barrios enteros con casas residenciales, edificios de piedra y templos. Después de esto, se decidió construir edificios clave de piedra para una mejor protección contra el fuego. La construcción en piedra en Krasnoyarsk comenzó un poco antes, en 1759 se colocó la primera piedra de la catedral de la Resurrección, que se construyó durante más de diez años. El lento ritmo se explica por el hecho de que la arquitectura en piedra en Siberia oriental era una novedad, y había pocos maestros. La catedral fue construida por canteros de Yeniseisk, pero aún así no había suficientes especialistas. Comprendiendo que tendrían que esperar mucho tiempo por el templo de piedra de la Protección, los feligreses pidieron al arzobispo de Tobolsk, Varlaam Petrov, permiso para construir una iglesia temporal de madera, que luego sería reemplazada por una de piedra. El arzobispo estuvo de acuerdo, y la iglesia fue construida. La iglesia de piedra fue iniciada solo en 1785 y se terminó diez años después, casi un cuarto de siglo después del incendio.

La iglesia de madera de la Protección tuvo un destino inusual. En 1790, después de la consagración de las capillas de la iglesia de piedra, fue trasladada y reconsagrada en honor a la Anunciación de la Santísima Virgen. Más tarde fue trasladada nuevamente y reconsagrada, convirtiéndose ahora en la iglesia de Todos los Santos. La iglesia pudo haber sido trasladada por tercera vez, pero se quemó, sirviendo como prototipo para tres iglesias de piedra en Krasnoyarsk. Se sabe que era una iglesia de cúpula con refectorio y campanario en un solo eje. La iglesia de piedra de la Protección fue construida junto a la de madera. Los fondos para la construcción se recaudaron de manera colectiva, muchos ayudaron no solo con dinero, sino también con trabajo. Las obras fueron dirigidas por el noble retirado Mijaíl Yushkov, quien era considerado el arquitecto principal del templo, aunque en realidad fue una creación colectiva. A Yushkov y al anciano de la iglesia, Daniil Cherkasov, les preocupaba más la selección de personal, ya que Krasnoyarsk era completamente de madera y no había canteros en la ciudad. Los maestros fueron traídos de Yeniseisk, donde ya se construía en piedra. La construcción avanzaba lentamente, y en 1790 se consagró la capilla lateral de San Pedro y San Pablo, y luego la de San Nicolás. En ese mismo momento, la iglesia de madera fue trasladada, y la parroquia "se mudó" al nuevo templo. Se necesitaron cinco años más para completar las obras, y el altar principal fue consagrado en junio de 1795. Originalmente se pensó en hacerlo de la Epifanía, pero la votación de la parroquia lo determinó como de la Protección. El templo era famoso por su iconostasio tallado, realizado por Fyodor Ushakov, que se conservó hasta mediados del siglo XIX. La apariencia del templo de la Protección inicialmente difería de la actual.

Según el registro clerical de 1813, era una iglesia de un solo piso con dos capillas y un campanario, de piedra, con longitud y ancho medidos en sazones. En 1826, la cerca de madera fue reemplazada por una de piedra con rejas de madera, que más tarde se convirtieron en de hierro. Inicialmente, la fachada occidental de todo el templo era la fachada del campanario con un porche cubierto de piedra. En la década de 1840, el porche fue desmantelado, se organizó un vestíbulo, y el refectorio se amplió, rodeando el campanario. Las nuevas adiciones fueron decoradas imitando los detalles del volumen original, y es difícil determinar el límite entre las partes antiguas y nuevas de las paredes. Las viejas paredes fueron enlucidas, y aparecieron frescos exteriores, destruidos por el incendio de 1881. Después de la ampliación de la iglesia, se doraron sus nueve cúpulas. En el siglo XIX, el templo fue pintado, pero solo se conservó un fragmento con la imagen de la Protección de la Madre de Dios. Las demás pinturas fueron cubiertas a mediados del siglo XX. En 1845, el antiguo iconostasio fue vendido, y su lugar fue ocupado por uno nuevo dorado. En 1871, la iglesia fue ampliada, ya que no había suficiente espacio. El comerciante N. Gadalov donó más de 10 mil rublos para las obras, que avanzaron rápidamente. El templo se volvió más espacioso, y sobre la entrada apareció un nuevo ícono de la Protección de la Madre de Dios.

Muchas iglesias de Siberia fueron cerradas más tarde que en el centro de Rusia, donde en 1918 comenzó el ataque a la religión. En 1922, se emitió una decisión sobre la confiscación de valores eclesiásticos, y las autoridades de Krasnoyarsk comenzaron a llevarla a cabo. En mayo llegaron a la iglesia de la Protección, donde se confiscaron más de 23 puds de plata. A pesar del saqueo, la iglesia siguió funcionando durante más de diez años. En 1935 fue cerrada y entregada al comité de servicios públicos de la ciudad. Para el inicio de la Gran Guerra Patriótica, no quedaba ninguna iglesia en funcionamiento en la diócesis de Krasnoyarsk. En 1944, tras una carta de los creyentes, las autoridades permitieron abrir la iglesia de la Protección. Los creyentes restauraron la iglesia, y se abrió el 8 de mayo de 1945, convirtiéndose en la iglesia principal de la diócesis.

En la década de 1950, el interior de la iglesia cambió drásticamente. La pintura mural fue cubierta con yeso, decorada con estuco de ornamentación vegetal. Los elementos de estuco se ven inusuales, pero hermosos, enmarcando íconos y bóvedas. En 1961, la catedral de la Protección fue cerrada nuevamente. La iglesia de la Trinidad del cementerio permaneció en funcionamiento, y la catedral se utilizó como talleres y sala de exposiciones. En 1989, la iglesia fue devuelta a los creyentes. La iglesia de la Protección pertenece a la escuela de barroco siberiano de Yeniseisk. La altura del templo con la cruz es de 32 metros, y la del campanario es de 36 metros. La longitud a lo largo del eje central es de más de 40 metros. En el campanario hay 10 campanas, a las que se accede por una escalera. Junto a la iglesia hay edificios de servicio, en uno de los cuales se ha consagrado un pequeño templo bautismal. El templo está coronado con nueve cúpulas.