Die Schutzmantelkirche wurde in Krasnojarsk zu Beginn des Steinbaus nach einem großen Brand erbaut, der einen erheblichen Teil der Stadt zerstörte. Frühere steinerne Bauwerke sind nicht erhalten geblieben, daher gilt die Kirche als das älteste steinerne Gebäude der Stadt. Die erste hölzerne Kirche zu Ehren des Schutzmantels der Heiligen Gottesmutter entstand in Krasnojarsk Mitte des 17. Jahrhunderts, kurz nach der Gründung der Festung. Sie befand sich in der Nähe der heutigen Kirche. Die Holzkirche brannte mehrmals und wurde umgebaut, während die Stadt weiter wuchs. Der Brand von 1773 war besonders verheerend und zerstörte ganze Stadtteile mit Wohnhäusern, steinernen Gebäuden und Kirchen. Danach wurde beschlossen, wichtige Gebäude aus Stein zu errichten, um einen besseren Brandschutz zu gewährleisten. Der Steinbau in Krasnojarsk begann etwas früher, 1759 wurde die Kathedrale der Auferstehung geweiht, die über zehn Jahre lang gebaut wurde. Die langsamen Fortschritte sind darauf zurückzuführen, dass die Steinarchitektur in Ost-Sibirien neu war und es nur wenige Meister gab. Die Kathedrale wurde von Steinmetzen aus Jenisseisk gebaut, aber es mangelte dennoch an Fachkräften. In dem Bewusstsein, dass der Bau der steinernen Schutzmantelkirche lange dauern würde, baten die Gemeindemitglieder den Erzbischof von Tobolsk, Varlaam Petrow, um die Erlaubnis, eine vorübergehende hölzerne Kirche zu errichten, die später durch eine steinerne ersetzt werden sollte. Der Erzbischof stimmte zu, und die Kirche wurde gebaut. Der Bau der steinernen Kirche begann erst 1785 und wurde nach zehn Jahren, fast ein Vierteljahrhundert nach dem Brand, abgeschlossen.

Die hölzerne Schutzmantelkirche hatte ein ungewöhnliches Schicksal. Im Jahr 1790, nach der Weihe der Seitenkapellen der steinernen Kirche, wurde sie versetzt und zu Ehren der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter neu geweiht. Später wurde sie erneut versetzt und neu geweiht, nun wurde sie zur Allerheiligsten. Die Kirche könnte ein drittes Mal versetzt worden sein, brannte jedoch und diente als Vorbild für drei steinerne Kirchen in Krasnojarsk. Es ist bekannt, dass es sich um eine Zeltkirche mit einem Speisesaal und einem Glockenturm auf einer Achse handelte. Die steinerne Schutzmantelkirche wurde neben der hölzernen errichtet. Die Mittel für den Bau wurden von der Gemeinschaft gesammelt, viele halfen nicht nur mit Geld, sondern auch mit Arbeit. Die Arbeiten wurden von dem pensionierten Adligen Michail Juschkow geleitet, der als Hauptarchitekt der Kirche galt, obwohl es sich eher um ein kollektives Werk handelte. Juschkow und der Kirchenälteste Daniil Tscherkassow waren vor allem mit der Personalauswahl beschäftigt, da Krasnojarsk vollständig aus Holz bestand und es keine Steinmetze in der Stadt gab. Meister wurden aus Jenisseisk geholt, wo bereits mit Stein gebaut wurde. Der Bau verlief langsam, und 1790 wurde die Seitenkapelle St. Peter und Paul geweiht, gefolgt von der Nikolauskapelle. Zur gleichen Zeit wurde die hölzerne Kirche versetzt, und die Gemeinde „übersiedelte“ in die neue Kirche. Für den Abschluss der Arbeiten benötigte man weitere fünf Jahre, und der Hauptaltar wurde im Juni 1795 geweiht. Ursprünglich sollte er als Epiphaniasaltar gestaltet werden, aber die Abstimmung der Gemeinde bestimmte ihn als Schutzmantelaltar. Die Kirche war bekannt für ihren geschnitzten Ikonostase, der von Fjodor Uschakow gefertigt wurde und bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts erhalten blieb. Das Erscheinungsbild der Schutzmantelkirche unterschied sich ursprünglich von dem heutigen.

Laut dem Kirchenregister von 1813 war es eine einstöckige Kirche mit zwei Kapellen und einem Glockenturm, aus Stein, mit Länge und Breite, die in Klaftern gemessen wurden. 1826 wurde die hölzerne Umzäunung durch eine steinerne mit hölzernen Gittern ersetzt, die später aus Eisen wurden. Ursprünglich war die Westfassade der gesamten Kirche die Fassade des Glockenturms mit einem überdachten steinernen Vorbau. In den 1840er Jahren wurde der Vorbau abgerissen, ein Vorraum eingerichtet und der Speisesaal erweitert, sodass er den Glockenturm umschloss. Die neuen Anbauten wurden dekoriert, indem sie den Details des ursprünglichen Volumens nachahmten, und die Grenze zwischen den alten und neuen Teilen der Wände ist schwer zu bestimmen. Die alten Wände wurden verputzt, und es entstanden Außenfresken, die durch den Brand von 1881 zerstört wurden. Nach der Erweiterung der Kirche wurden alle neun Kuppeln vergoldet. Im 19. Jahrhundert wurde die Kirche bemalt, aber nur ein Fragment mit dem Bild des Schutzmantels der Gottesmutter blieb erhalten. Die anderen Malereien wurden in der Mitte des 20. Jahrhunderts übermalt. 1845 wurde der alte Ikonostase verkauft, und an seiner Stelle kam ein neuer mit Vergoldung. 1871 wurde die Kirche erweitert, da der Platz nicht ausreichte. Der Kaufmann N. Gadalow spendete mehr als 10.000 Rubel für die Arbeiten, die schnell vorankamen. Die Kirche wurde geräumiger, und über dem Eingang erschien ein neues Bild des Schutzmantels der Gottesmutter.

Viele Kirchen in Sibirien wurden später geschlossen als in Zentralrussland, wo 1918 der Angriff auf die Religion begann. 1922 wurde eine Entscheidung über die Beschlagnahme von Kirchenwerten getroffen, und die Behörden von Krasnojarsk begannen, dies umzusetzen. Im Mai erreichten sie die Schutzmantelkirche, wo mehr als 23 Pud Silber beschlagnahmt wurden. Trotz der Plünderung blieb die Kirche noch über zehn Jahre aktiv. 1935 wurde sie geschlossen und dem Stadtkommunalwirtschaftsamt übergeben. Zu Beginn des Großen Vaterländischen Krieges gab es in der Krasnojarsker Diözese keine aktive Kirche mehr. 1944, nach einem Schreiben von Gläubigen, erlaubten die Behörden die Wiedereröffnung der Schutzmantelkirche. Die Gläubigen restaurierten die Kirche, und sie wurde am 8. Mai 1945 wieder eröffnet und wurde zur Hauptkirche der Diözese.

In den 1950er Jahren änderte sich das Innere der Kirche stark. Die Wandmalereien wurden mit Putz verdeckt und mit Stuckaturen mit pflanzlichen Ornamenten geschmückt. Die Stuckelemente wirken ungewöhnlich, aber schön, sie rahmen die Ikonen und Gewölbe ein. 1961 wurde die Schutzmantelkathedrale erneut geschlossen. Die Friedhofs-Trinitatis-Kirche blieb aktiv, während die Kathedrale als Werkstätten und Ausstellungsraum genutzt wurde. 1989 wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben. Die Schutzmantelkirche gehört zur Jenissei-Schule des sibirischen Barocks. Die Höhe der Kirche mit dem Kreuz beträgt 32 Meter, die des Glockenturms 36 Meter. Die Länge entlang der zentralen Achse beträgt mehr als 40 Meter. Der Glockenturm hat 10 Glocken, zu ihm führt eine Treppe. Neben der Kirche gibt es Wirtschaftsgebäude, in einem von ihnen wurde eine kleine Taufkirche geweiht. Die Kirche ist mit neun Kuppeln gekrönt.