En 1693, le marchand yaroslavien Ivan Kemski a ordonné, avec ses propres fonds, la construction de deux églises sur les rives opposées de la Volga. L'une d'elles était dédiée aux saints Zosime et Savvaty, et l'autre, l'église de l'Ascension et de l'Annonciation. Ces églises servaient de phares pour la traversée de la Volga. Le chemin passant par l'église de Zosime et Savvaty menait de Yaroslavl vers le nord, à Kostroma et Vologda. Chaque voyageur considérait comme un devoir de visiter cette église. On sait qu'elle a été visitée par l'empereur Nicolas Ier lors de son voyage à Kostroma et par l'écrivain M. Yu. Lermontov. En 1771, grâce aux fonds des paroissiens, une autre église en pierre a été construite près de l'église de Zosime et Savvaty au nom de la Sainte Trinité, avec deux chapelles : celle du prophète Élie et celle de saint Nicolas le Miracle-Faire.

Dans les années 30 du XXe siècle, pendant la persécution de l'Église orthodoxe russe, le grand complexe ecclésiastique a été fermé, et l'église de la Trinité a été détruite jusqu'aux fondations. L'église de Zosime et Savvaty a miraculeusement survécu, bien qu'elle ait souffert des vandales. Divers ateliers y ont été installés, puis une blanchisserie, et dans les années 80, l'église était à l'abandon et était devenue une ruine.

En 1998, les ruines de l'église des saints Zosime et Savvaty, la seule église de l'évêché dédiée aux saints du Grand Nord, ont été transférées au diocèse de Yaroslavl. En 2002, une chapelle a été aménagée et consacrée près de l'église au nom des saints Zosime et Savvaty, où le 7 janvier 2011, le premier service de Noël a eu lieu.

À la fin de 2008, des travaux de restauration de l'église ont commencé, qui ont littéralement relevé l'édifice des ruines. Les bâtiments ressemblaient à peine à une église, et le clocher était détruit. Les travaux principaux de renforcement des fondations et des voûtes ont été réalisés, la toiture a été renouvelée, le clocher a été restauré et des dômes ont été installés. Le clocher se distingue par une solution architecturale inhabituelle : un large octogone, des arcades et un autre octogone plus petit, surmonté d'un toit en forme de tente. Cependant, les travaux de réparation et de restauration se poursuivent, l'aménagement intérieur de l'église et l'installation des communications nécessaires sont en cours.

Le 24 avril 2011, à Pâques, le premier service a eu lieu dans l'église, et depuis lors, les services sont devenus réguliers.

Avec la bénédiction de l'archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Panteleimon, en 2012, l'église de Zosime et Savvaty a reçu le statut d'église maritime régionale. La branche yaroslavienne du mouvement panrusse de soutien à la marine a décidé de construire près de l'église un mémorial en mémoire des marins yaroslavien morts et d'immortaliser le saint juste Théodore Ouchakov avec une grande icône sur ce mémorial.