Im Jahr 1693 ließ der jaroslawlische Kaufmann Iwan Kemski auf eigene Kosten zwei Kirchen an den gegenüberliegenden Ufern der Wolga bauen. Eine von ihnen war den heiligen Zosima und Sawvatij gewidmet, die andere der Himmelfahrt und der Verkündigung. Diese Kirchen dienten als eine Art Leuchttürme für die Überquerung der Wolga. Der Weg durch die Zosima- und Sawvatij-Kirche führte von Jaroslawl nach Norden, nach Kostroma und Wologda. Jeder Reisende hielt es für seine Pflicht, diese Kirche zu besuchen. Es ist bekannt, dass sie von Kaiser Nikolaus I. während seiner Reise nach Kostroma und dem Schriftsteller M.Ju. Lermontow besucht wurde. Im Jahr 1771 wurde mit Mitteln der Gemeindemitglieder neben der Zosima- und Sawvatij-Kirche eine weitere steinerne Sommerkirche im Namen der Lebensspendenden Dreifaltigkeit mit zwei Kapellen: des Propheten Elia und des Wundertäters Nikolaus, erbaut.

In den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts, während der Verfolgungen der Russisch-Orthodoxen Kirche, wurde der große Kirchenkomplex geschlossen, und die Dreifaltigkeitskirche bis auf die Grundmauern zerstört. Die Zosima- und Sawvatij-Kirche überlebte auf wundersame Weise, obwohl sie von Vandalen beschädigt wurde. Hier wurden verschiedene Werkstätten eingerichtet, dann eine Wäscherei, und bis in die 80er Jahre des 20. Jahrhunderts verfiel die Kirche und verwandelte sich in Ruinen.

Im Jahr 1998 wurden die Ruinen der Kirche der heiligen Zosima und Sawvatij, der einzigen Kirche in der Diözese, die den Heiligen des äußersten Nordens gewidmet ist, der Jaroslawler Diözese übergeben. Im Jahr 2002 wurde neben der Kirche eine Kapelle im Namen der heiligen Zosima und Sawvatij eingerichtet und geweiht, in der am 7. Januar 2011 der erste Weihnachtsgottesdienst stattfand.

Ende 2008 begannen die Restaurierungsarbeiten an der Kirche, die buchstäblich aus den Ruinen gehoben wurde. Die Gebäude erinnerten kaum noch an eine Kirche, und der Glockenturm war zerstört. Es wurden grundlegende Arbeiten zur Stärkung des Fundaments und der Gewölbe durchgeführt, das Dach erneuert, der Glockenturm wiederhergestellt und Kuppeln installiert. Der Glockenturm zeichnet sich durch eine ungewöhnliche architektonische Lösung aus: ein breiter Achteck, Arkaden und ein weiterer kleinerer Achteck, gekrönt von einem Zeltdach. Die Renovierungs- und Restaurierungsarbeiten dauern jedoch an, die Innenausstattung der Kirche wird fortgesetzt und notwendige Kommunikationsleitungen werden verlegt.

Am 24. April 2011, zu Ostern, fand in der Kirche der erste Gottesdienst statt, seitdem sind die Gottesdienste regelmäßig geworden.

Auf das Geheiß des Metropoliten von Jaroslawl und Rostow, Panteleimon, erhielt die Kirche Zosima und Sawvatij im Jahr 2012 den Status einer regionalen Marinekirche. Die Jaroslawler Abteilung der Allrussischen Bewegung zur Unterstützung der Marine entschloss sich, in der Nähe der Kirche ein Denkmal zum Gedenken an die gefallenen jaroslawlischen Seeleute zu errichten und den heiligen Gerechten Theodor Ushakov mit einem großen Ikone auf diesem Denkmal zu verewigen.