En 1693, el comerciante de Yaroslavl, Ivan Kemski, ordenó construir dos templos a sus expensas en las orillas opuestas del Volga. Uno de ellos estaba dedicado a los santos Zosima y Savvaty, y el otro, al Ascenso y la Anunciación. Estos templos servían como faros para el cruce del Volga. El camino a través del templo de Zosima y Savvaty conducía desde Yaroslavl hacia el norte, a Kostroma y Vologda. Cada viajero consideraba su deber visitar este templo. Se sabe que fue visitado por el emperador Nicolás I durante su viaje a Kostroma y por el escritor M.Yu. Lermontov. En 1771, con los fondos de los feligreses, se construyó cerca del templo de Zosima y Savvaty otra iglesia de piedra de verano en honor de la Santísima Trinidad, con dos capillas: la del Profeta Elías y la de San Nicolás el Milagroso.

En los años 30 del siglo XX, durante la persecución a la Iglesia Ortodoxa Rusa, el gran complejo del templo fue cerrado, y la iglesia de la Trinidad fue destruida hasta los cimientos. La iglesia de Zosima y Savvaty sobrevivió milagrosamente, aunque sufrió daños por vándalos. Aquí se instalaron diversos talleres, luego una lavandería, y para los años 80 del siglo XX, el templo se encontraba en abandono y se convirtió en ruinas.

En 1998, las ruinas de la iglesia de los santos Zosima y Savvaty, el único templo en la diócesis dedicado a los santos del Extremo Norte, fueron entregadas a la diócesis de Yaroslavl. En 2002, se construyó y bendijo una capilla junto al templo en honor de los santos Zosima y Savvaty, donde el 7 de enero de 2011 se celebró el primer servicio navideño.

A finales de 2008, comenzaron las obras de restauración del templo, que fue literalmente levantado de las ruinas. Los edificios apenas recordaban una iglesia, y el campanario estaba destruido. Se realizaron trabajos fundamentales para fortalecer los cimientos y las bóvedas, se renovó el tejado, se restauró el campanario y se instalaron cúpulas. El campanario destaca por su inusual solución arquitectónica: un amplio octógono, arquerías y otro octógono más pequeño, coronado con un techo a cuatro aguas. Sin embargo, los trabajos de reparación y restauración continúan, se está llevando a cabo el acabado interior del templo y la instalación de las comunicaciones necesarias.

El 24 de abril de 2011, en Pascua, se celebró el primer servicio en el templo, y desde entonces las ceremonias se han vuelto regulares.

Con la bendición del Metropolitano de Yaroslavl y Rostov, Panteleimon, en 2012, a la iglesia de Zosima y Savvaty se le otorgó el estatus de templo marítimo regional. La sucursal de Yaroslavl del Movimiento de Apoyo a la Flota Naval de Rusia decidió construir un memorial cerca del templo en memoria de los marineros de Yaroslavl caídos y perpetuar al santo justo Feodor Ushakov con un gran ícono en este memorial.