En 1702, sur ordre de Pierre Ier, des tireurs et des guides sont arrivés à Arkhangelsk pour renforcer le garnison pendant la construction de la forteresse de Novodvinsk. Les églises de garnison sont restées à leur place pendant 14 ans, jusqu'à ce que les régiments soient déplacés sur la rive droite de la rivière Kuznechikha, où se trouvait le village éponyme. Avec les régiments, les églises en bois ont également été transférées.

Il existe une légende selon laquelle le quartier moderne d'Arkhangelsk, Kuznechikha, où se trouve maintenant l'église de la Trinité, a reçu son nom d'un faubourg de forgerons. Cependant, ce n'est pas le cas. En réalité, le nom provient du mot chud « kuzmecha », qui signifie « forêt d'épicéas ». Depuis le début du XVIIIe siècle, il y avait l'un des établissements militaires d'Arkhangelsk, dont un élément obligatoire était la paroisse.

En 1745, les églises de la Trinité et de l'Épiphanie étaient très délabrées, et les officiers avec les soldats ont décidé de construire une église en pierre. En un peu plus de deux ans, un nouveau temple a été érigé avec trois autels : en l'honneur de la Sainte Trinité, de l'archange Michel et de Jean-Baptiste. Quatorze ans plus tard, les employés locaux ont commencé à construire un clocher à trois niveaux avec leurs propres fonds.

La paroisse est devenue connue sous le nom d'église de la Trinité de Kuznechev et est restée militaire pendant deux siècles. Même après le transfert de l'église en 1810 à l'évêché d'Arkhangelsk, la majorité des paroissiens étaient des membres du garnison. Des reliques militaires y étaient conservées et des cérémonies régimentaires y étaient organisées.

Parmi les donateurs pour la construction et l'entretien de la paroisse se trouvait le boyard et voïvode d'Arkhangelsk, Pierre Ivanovitch Khovansky, connu sous le nom de Grand. Bien qu'il ait administré les terres de Dvina longtemps avant la construction des églises en bois, sa contribution à la vie de la paroisse a été significative, et par testament, il a été enterré près des murs de l'église.

À l'époque soviétique, le bâtiment de l'église a été utilisé comme dortoir, savonnerie, usine de chaussures et atelier de taille de pierre. Ce n'est qu'à la fin des années 1950 que le temple a perdu son dôme et son tambour, et le niveau supérieur du clocher a été détruit.

En 1992, l'église en ruine a été restituée à l'évêché d'Arkhangelsk, et trois ans plus tard, la vie paroissiale active a repris ici.