En 1702, por orden de Pedro I, llegaron a Arkhangelsk los tiradores y guías para reforzar la guarnición durante la construcción de la fortaleza de Novodvinsk. Las iglesias de la guarnición permanecieron en su lugar durante 14 años, hasta que los regimientos fueron trasladados a la orilla derecha del río Kuznechikha, donde se encontraba la aldea del mismo nombre. Junto con los regimientos, también se trasladaron las iglesias de madera.

Existe una leyenda de que el moderno microdistrito de Kuznechikha en Arkhangelsk, donde ahora se encuentra el templo de la Trinidad, recibió su nombre de la colonia de herreros. Sin embargo, esto no es cierto. En realidad, el nombre proviene de la palabra chud de "kuzmecha", que significa "bosque de abetos". Desde principios del siglo XVIII, aquí se encontraba uno de los asentamientos militares de Arkhangelsk, cuyo elemento obligatorio era la parroquia.

Para 1745, las iglesias de la Trinidad y de la Epifanía estaban muy deterioradas, y los oficiales junto con los soldados decidieron construir una iglesia de piedra. En poco más de dos años se erigió un nuevo templo con tres altares: en honor a la Santísima Trinidad, al Arcángel Miguel y a Juan el Bautista. Después de 14 años, los funcionarios locales comenzaron la construcción de un campanario de tres niveles con sus propios fondos.

La parroquia se hizo conocida como la iglesia de Kuznechevskaya de la Trinidad y durante dos siglos permaneció militar. Incluso después de la transferencia del templo a la diócesis de Arkhangelsk en 1810, la mayoría de los feligreses eran miembros de la guarnición. Aquí se guardaban reliquias militares y se llevaban a cabo ceremonias regimentales.

Entre los donantes para la construcción y mantenimiento de la parroquia se encontraba el boyardo y voivoda de Arkhangelsk, Pyotr Ivanovich Khovansky, conocido como el Grande. Aunque él administró las tierras de Dvina mucho antes de la construcción de las iglesias de madera, su contribución a la vida de la parroquia fue significativa, y por testamento fue enterrado junto a las paredes del templo.

En la época soviética, el edificio de la iglesia se utilizó como albergue, fábrica de jabón, fábrica de calzado y taller de cantería. Solo a finales de la década de 1950, el templo perdió su cúpula y tambor, y el nivel superior del campanario fue destruido.

En 1992, el templo semi-destrozado fue devuelto a la diócesis de Arkhangelsk, y tres años después se reanudó la vida parroquial activa aquí.