Im Jahr 1702 kamen auf Befehl von Peter I. Schützen und Gaiduks nach Archangelsk, um die Garnison während des Baus der Neuwediner Festung zu verstärken. Die Garnisonskirchen standen 14 Jahre an ihrem Platz, bis die Regimenter an das rechte Ufer des Flusses Kuznechikha verlegt wurden, wo sich das gleichnamige Dorf befand. Zusammen mit den Regimentern wurden auch die hölzernen Kirchen dorthin verlegt.

Es gibt eine Legende, dass das moderne Archangelsker Stadtviertel Kuznechikha, wo jetzt die Dreifaltigkeitskirche steht, seinen Namen von der Siedlung der Schmiede erhielt. Doch das ist nicht der Fall. Tatsächlich stammt der Name von dem finno-ugrischen Wort „kuzmecha“, was „Tannenwald“ bedeutet. Seit dem frühen 18. Jahrhundert gab es hier eine der militärischen Siedlungen von Archangelsk, deren obligatorisches Element die Kirchengemeinde war.

Bis 1745 waren die Dreifaltigkeits- und die Epiphanias-Kirchen stark verfallen, und die Offiziere beschlossen zusammen mit den Soldaten, eine Steinkirche zu bauen. Nach etwas mehr als zwei Jahren wurde eine neue Kirche mit drei Altären errichtet: zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit, des Erzengels Michael und Johannes des Täufers. Nach 14 Jahren begannen die örtlichen Beamten auf eigene Kosten mit dem Bau eines dreigeschossigen Glockenturms.

Die Gemeinde wurde als Dreifaltigkeits-Kuznechevskaja-Kirche bekannt und blieb über zwei Jahrhunderte militärisch. Selbst nach der Übergabe der Kirche im Jahr 1810 an das Erzbistum Archangelsk bestand die Mehrheit der Gemeindemitglieder aus Garnisonsangehörigen. Hier wurden militärische Relikte aufbewahrt und Regimentzeremonien abgehalten.

Unter den Spendern für den Bau und die Erhaltung der Gemeinde war der Boyar und Archangelsker Woiwode Peter Ivanovich Khovansky, bekannt als der Große. Obwohl er die Dwina-Länder lange vor dem Bau der hölzernen Kirchen verwaltete, war sein Beitrag zum Leben der Gemeinde erheblich, und gemäß seinem Testament wurde er an den Mauern der Kirche beigesetzt.

In der Sowjetzeit wurde das Kirchengebäude als Wohnheim, Seifenfabrik, Schuhfabrik und Steinmetzwerkstatt genutzt. Erst Ende der 1950er Jahre verlor die Kirche ihre Kuppel und Trommel, und der obere Teil des Glockenturms wurde zerstört.

Im Jahr 1992 wurde die halbzerstörte Kirche an das Erzbistum Archangelsk zurückgegeben, und drei Jahre später begann hier wieder ein aktives Gemeindeleben.