Toute la beauté et l'importance de l'église de l'Amirauté résident dans sa nef carrée principale, créée par des architectes moscovites. Cinq dômes décorent le temple, témoignant de l'influence d'un nouveau style introduit à Moscou par Ivan III. Une caractéristique de cette époque est la relation entre la largeur étroite et la longueur avec une plus grande hauteur, symbolisant l'aspiration de la prière vers les cieux. La nef à deux niveaux avec des fenêtres soutient le toit, qui passe de quatre pentes à une voûte en dôme, ce qui constitue une construction unique, car le toit ne reflète pas les voûtes du plafond, comme l'a noté l'historien Nikolaï Vassilievitch Valoukinski.

Le concept architectural du temple est typique de la fin du XVIIe et du début du XVIIIe siècle. Le carré, à deux niveaux et cubique, a un plan carré et est surmonté de cinq dômes. Le tambour central est lumineux et plus grand que les angles, qui ne laissent pas passer la lumière. À l'est, le temple est adjacent à une abside à trois parties, de la même largeur que le carré, mais plus basse en hauteur. Les espaces intérieurs du diaconat et de l'autel représentent la moitié de l'autel, bien qu'il semble de l'extérieur que toutes les parties de l'abside soient égales. La salle à manger et le clocher, construits plus tard, sont réalisés dans le style classique. Sur le mur sud du carré, deux plaques sont placées, l'une d'elles annonçant la restauration de l'église pour le 300e anniversaire de la marine russe en 1996. L'autre plaque, installée en 2003, souligne que c'est ici que la marine russe a reçu sa première bénédiction avant la campagne d'Azov.

Le toit est couronné de cinq dômes sur de petits tambours avec des coupoles en oignon. Selon Valoukinski, la décoration des tambours rappelle les églises moscovites, mais n'en est pas une copie. Le tambour central est lumineux, les autres ne le sont pas. La décoration du tambour central remonte aux innovations d'Aleviz le Nouveau. La corniche sous le toit se transforme en pilastres ornés de corniches, ce qui donne au bâtiment un aspect original. Les encadrements des fenêtres sont réalisés dans le style du XVIIe siècle, mais il n'y a pas de fresques dans l'église, et les restes des anciennes peintures sont cachés sous le plâtre.

Au début des années 2000, des panneaux avec des photographies racontant l'histoire de l'église ont été installés. Le coin sud-est de la salle à manger est mémorial, avec des plaques en l'honneur des marins morts sur le "Komsomolets" et le "Koursk", ainsi que d'autres événements mémorables. Des bas-reliefs de Pierre le Grand et d'amiraux, des icônes et le drapeau de Saint André, remis à l'église en 2003 avec l'icône de saint Théodore Ouchakov, y sont installés.

À l'intérieur de l'église, le système de soutien des voûtes est intéressant : les arcs reposent sur deux piliers au centre du carré. Les voûtes, à l'exception de la centrale, sont aveugles, et les tambours ne sont pas visibles de l'intérieur. La décoration des piliers avec des éléments baroques est probablement apparue plus tard. La hauteur de l'église est de 13,1 mètres, celle du clocher, de 21,4 mètres. La peinture murale est plâtrée, et la parcelle de terre sous l'église occupe 0,142 hectare.