L'église de saint Nicolas dans la ruelle de Starovagankov est connue depuis le XVIe siècle, lorsque le monastère de Nikolo-Peshnoshsky y avait une dépendance. Le temple a été reconstruit à plusieurs reprises. À la fin du XVIIe siècle, il était à trois autels et avait deux chapelles : en l'honneur du saint Sergius de Radonège et des quarante martyrs de Sébaste.

L'église moderne en pierre a été construite vers 1759, lorsque le terrain appartenait à A.A. Menchikov. En 1782, le terrain a été acquis par P.E. Pashkov, et alors une cloche a été ajoutée au temple, suivie d'une clôture en pierre en 1792.

L'histoire de l'église est étroitement liée à l'histoire de la maison Pashkov.

Lors de l'invasion de Napoléon en 1812, le temple a été endommagé par un incendie et pillé. Cependant, dès 1814, grâce aux efforts des paroissiens, il a été restauré et consacré.

Lorsque, en 1843, la maison Pashkov a été occupée par l'Institut des nobles, l'église est devenue une église de l'institut, puis de la 4e gymnase et enfin « muséale », après que le musée Rumiantsev a été installé dans la maison Pashkov en 1862.

Les contemporains se souviennent que Gogol aimait prier dans l'église de l'Institut des nobles.

En 1896, le prêtre Leonid Mikhailovich Chichagov est devenu le recteur du temple, grâce à qui l'église a acquis une renommée à Moscou. Aujourd'hui, elle abrite des icônes et des fresques réalisées par le père Leonid Chichagov.

Grâce aux efforts du père Leonid, le saint Séraphim de Sarov a été canonisé. En 1898, le père Leonid a pris le monachisme au monastère de la Sainte-Trinité de Sergueïev Posad, et en 1937, il a été fusillé au polygone de Boutovo. En 1997, il a été canonisé en tant que saint martyr métropolitain Séraphim (Leonid Chichagov).

En 1902, le temple a été rénové, et une cloche de type pskovien a été installée selon le projet de l'architecte G.P. Evlanov.

Depuis 1905, grâce aux efforts du directeur du musée Rumiantsev I. Tsvetaeva, un conseil de bienfaisance pour l'église de saint Nicolas a été créé.

Après la révolution, le temple a été fermé, pillé en 1926 et partiellement détruit.

Dans les années 1930, l'église a été utilisée comme entrepôt de la bibliothèque Lénine.

La restauration et la reconstruction du temple ont commencé dans les années 1980 sous la direction des architectes A. Klimenko et B. Moginov.

En 1992, les services religieux ont repris ici, et le temple a été remis à l'Église orthodoxe russe.